已经做过多肽鉴定，想用软件自己看一级质谱图，请问你们有什么方法吗

用软件自己查看一级质谱图（MS1 spectra），有助于验证多肽鉴定结果或进行定量分析。以下是一些常用方法和工具，适合你导入原始数据并查看一级质谱图：

 

常用工具

1、ProteoWizard + SeeMS

用途：查看质谱数据（MS1 和 MS2），格式转换。

步骤：

（1）下载 ProteoWizard，安装后包含 MSConvert 和 SeeMS。

（2）使用 MSConvert 将原始质谱数据（例如 .raw、.wiff、.d）转换为 .mzML 格式。

（3）用 SeeMS 打开 .mzML 文件，可以查看 MS1 和 MS2 图谱。

 

2、TOPPView（OpenMS 工具之一）

用途：质谱数据可视化工具，支持 MS1 图谱查看。

优点：

（1）可交互地浏览 MS1 光谱、提取色谱（XIC）、肽段注释。

（2）支持 .mzML 文件。

 

3、MZmine 3

用途：适合代谢组和蛋白组的原始数据可视化、定量、预处理。

优点：

（1）免费开源，支持 MS1、MS2 数据。

（2）可以提取色谱峰、绘制 EIC、做定量分析。

 

4、Thermo Xcalibur（仅限 Thermo 仪器）

如果你用的是 Thermo 仪器（如 Orbitrap），可以直接用 Xcalibur 查看 .raw 文件，查看一级质谱图。

 

数据格式支持

几乎所有软件都推荐将原始数据转换为开放格式（如 .mzML 或 .mzXML），以便兼容各种可视化工具。你可以使用 MSConvert 做格式转换。

 

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