如果已经测得MALDI-TOF MS/MS的质谱图上边有荷质比以及分子量，如何用这个图在Mascot上获得肽段的组成和信息呢？

已经获得了MALDI-TOF MS/MS的质谱图，并知道了m/z值和分子量。要用这些信息在Mascot上鉴定肽段组成和信息，请按以下步骤操作：

在 Mascot 上进行数据库检索

1、准备数据文件：

（1）将MS/MS数据（带m/z值和峰强度）保存为Mascot支持的格式，如 .mgf（Mascot Generic Format）。

（2）如果你是从质谱软件（如 Bruker, Thermo, Sciex 等）导出数据，通常可以选择导出为 .mgf 格式。

 

2、打开 Mascot Search 界面：

访问 https://www.matrixscience.com，点击 Mascot Server 或直接使用你所在实验室或机构的本地Mascot服务器。

 

3、选择“MS/MS Ion Search”：

输入以下必要信息：

（1）Database（数据库）：选择如 SwissProt, NCBI, UniProt 等。

（2）Enzyme（酶）：例如 Trypsin（如果使用胰蛋白酶消化）。

（3）Fixed Modifications（固定修饰）：如 Carbamidomethyl (C)。

（4）Variable Modifications（可变修饰）：如 Oxidation (M)。

（5）Peptide tolerance 和 MS/MS tolerance：设定为适合你仪器的精度（如 ±0.1 Da 或更小）。

（6）Charge：输入碎片的电荷状态（如 +1, +2, +3）。

（7）Instrument：选择“ESI-QUAD-TOF”或“MALDI-TOF-TOF”视你的仪器而定。

 

4、上传你的MS/MS数据文件（.mgf）：在“Upload file”处上传。

 

5、开始检索：点击“Start Search”。

 

6、查看结果：Mascot会返回匹配的肽段列表，包括：

（1）肽段序列

（2）来自哪个蛋白质

（3）评分（Ion Score）

（4）匹配的m/z峰

 

提示：

• Mascot 的评分越高，代表匹配越可靠。通常 Ion Score > 30 被认为可信。
• 如果没有匹配结果，考虑放宽误差容限或检查酶切和修饰参数。

 

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