我有肽段MALDI谱图，请问怎样可以判断属于什么蛋白？
若您已有肽段的MALDI-TOF质谱图，判断其来源蛋白的基本思路是通过肽质量指纹图谱（Peptide Mass Fingerprinting, PMF）进行数据库检索。
一、判断蛋白的基本步骤
1、从MALDI谱图中提取肽段峰位（m/z值）与相对强度
重点保留高强度、分布均匀的峰，通常选取质量范围在800–4000 Da之间的肽段峰。
2、进行质量校准与质量误差控制（一般设±50 ppm 或 ±0.1–0.2 Da）
校准峰可用trypsin自裂峰或标准品肽段。
3、使用数据库检索工具（如Mascot）进行PMF分析
输入参数包括：
（1）实验物种（如human, mouse等）；
（2）酶种（通常为Trypsin）；
（3）固定/可变修饰（如Cys烷基化、Met氧化等）；
（4）质量容差（Da或ppm）；
（5）允许缺失切点（missed cleavages）。
4、分析匹配结果
（1）得分（Mascot Score）高且唯一性强者为候选蛋白；
（2）若匹配多个蛋白，应结合序列覆盖率、得分排名、功能注释等进行综合判断。
二、技术注意事项
1、酶切清晰度决定匹配准确度： 尽量确保蛋白酶切完全，杂峰少；
2、样本复杂性低时PMF更可靠，复杂混合物建议使用 LC-MS/MS；
3、若峰少或匹配不明晰，建议补做MS/MS鉴定肽段序列以提高特异性。
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