生信分析FAQ汇总

• • 请问蛋白互作强度信息图可以看出来哪个蛋白质是上游哪个是下游吗?

  蛋白互作强度信息图通常无法直接展示蛋白质之间的上下游关系，即它并不直接提供因果或调控关系的信息。这类图通常只显示蛋白质之间存在相互作用以及相互作用的强度（如亲和力、结合常数等）。   若想要识别蛋白质之间的上下游关系，可以考虑以下方法： 磷酸化或翻译后修饰分析：检测特定信号分子作用后蛋白

• • HPLC测定样品浓度和百分含量的误差如何分析?

  在HPLC分析中，样品浓度和百分含量的测定误差可能出现，这种误差可以通过多种方式进行分析和减小。   一、误差来源 1、系统误差 （1）仪器精度：HPLC系统的泵流速、进样体积、检测器灵敏度等参数可能带来系统误差，需要定期校正和验证设备的准确性。 （2）标准品误差：如果使用的标准品浓度不准确

• • 病毒的RNA都是线性的吗？

  并非所有病毒的RNA都是线性的，病毒的RNA可以表现出多种不同的结构，主要包括线性RNA和环状RNA。   一、线性RNA 大多数病毒的RNA是线性的，例如流感病毒和冠状病毒。这些病毒的RNA分子是单链的，并且以线性方式排列，具有开放的3'和5'末端。   二、环状RNA 一些病毒的RNA可

• • 多序列蛋白同源性比对分析，第五步功能预测怎么做

  多序列比对（MSA, Multiple Sequence Alignment）通常用于探究蛋白间的进化关系、保守位点等。而在完成MSA之后，第五步“功能预测”主要是指：基于序列特征推断各蛋白的潜在功能。针对这个问题，严格按科研流程，功能预测可以从以下几个方面系统展开：   1、基于已知功能注

• • 请问无参转录组得到的基因id如何知道他的基因名呀

  无参转录组（de novo transcriptome）分析得到的基因 ID，如 TRINITY_DNxxxxx，是组装工具自动生成的编号，它们没有直接对应的标准基因名。要获取这些 ID 对应的基因名称，需借助功能注释步骤，通过序列比对找到已知基因的同源序列，并据此推断其名称。

• • 血浆外泌体RNA中低表达基因熔解曲线非单峰的解决方法有哪些呢？

  对于血浆外泌体RNA样本中因表达低导致qPCR熔解曲线出现杂峰的问题，建议优先通过提升逆转录效率、引入限圈数的预扩增步骤及优化引物设计来改善扩增特异性。在不增加起始量的前提下，这些策略可有效增强目标基因信号、抑制非特异性扩增，从而获得更可靠的单峰熔解曲线。如特异性问题仍难以解决，亦可考虑采用

• • 高效液相色谱如何选择流动相和添加剂呢？可以推荐几篇可以全面对比不同流动相的优劣及原理的文献吗？

  在高效液相色谱（HPLC）中，选择合适的流动相和添加剂对于实现最佳分离效果至关重要。以下是选择流动相和添加剂时需要考虑的关键因素：

• • PLS-DA/OPLS-DA二维图:请问r2x(接近0.9)和r2y、q2(只有0.1左右)相差很大是什么情况，该怎么处理?

  各指标含义回顾： R²X：解释自变量（X，即代谢物特征）的方差能力。值越高，说明模型能很好地拟合输入数据。 R²Y：解释因变量（Y，通常是分组信息，比如健康 vs 患病）的方差能力。值越高，说明模型能更好地区分不同组别。 Q²：通过交叉验证得到的预测能力指标。反映模型对新样本的预测能力。一般

• • 只有参考基因组的ID，在数据库里没法转化基因ID，但能找到参考基因组的整个注释情况，应该怎样做差异基因的go,keg注释呢？

  在你的物种只有参考基因组的ID，并且无法通过数据库直接转化基因ID的情况下，如果你可以找到该参考基因组的注释信息，是可以进行GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）分析的。以下是具体的操作步骤：

• • metascape和DAVID下载的数据都没有generatio，请问在哪找？metascape第一列的groupid有什么用？

  一、如何解读 KEGG 结果中的数值？ 无论是 Metascape 还是 DAVID，KEGG 结果通常包含以下字段（名字可能稍有不同）： 字段名（可能的名称） 含义 Term / Pathway / Name 通路名称，例如："hsa04110: Cell cycle"