请问蛋白互作强度信息图可以看出来哪个蛋白质是上游哪个是下游吗?
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磷酸化或翻译后修饰分析：检测特定信号分子作用后蛋白质的磷酸化变化，确定上下游关系。
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时间序列实验：通过不同时间点的检测观察蛋白的激活顺序，从而推测信号流动方向。
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遗传学或分子干扰实验：通过基因敲除、敲降或抑制剂实验，观察下游蛋白的响应情况。
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信号通路数据库：使用KEGG、Reactome等生物信息学数据库查询已有的信号通路信息，了解哪些蛋白在上下游关系中已被确定。
蛋白互作强度信息图通常无法直接展示蛋白质之间的上下游关系，即它并不直接提供因果或调控关系的信息。这类图通常只显示蛋白质之间存在相互作用以及相互作用的强度（如亲和力、结合常数等）。
若想要识别蛋白质之间的上下游关系，可以考虑以下方法：
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