在过去的几十年中,以质谱(MS)为基础的蛋白质组学已经成为鉴定蛋白质-蛋白质相互作用分析(PPIs)的重要技术。蛋白质通过与其它蛋白质或化合物相互作用,形成大分子化合物,从而发挥生物学功能。对蛋白质相互作用的研究能够帮助我们更好的理解蛋白质。当通过IP, CO IP或GST pull-down等蛋白质相互作用分析手段,获得靶标蛋白后,通过质谱分析方法对该蛋白进行分析,鉴定及定量,能够对相互作用蛋白进行表征,进一步对蛋白质功能进行分析。亲和纯化结合质谱分析(Affinity purification combined with mass spectrometry, AP-MS)则允许在特定生理条件下无偏差的对相互作用蛋白进行检测。一种做法是利用SILAC方法分别标记实验组和对照组细胞后进行Co-IP实验,依靠抗原与抗体之间的专一性反应分离得到免疫复合物;再通过LC-MS/MS来定性/定量检测免疫复合物中的蛋白;当实验组与对照组中某个蛋白质的含量达到统计学差异时,判定这个蛋白质与研究的蛋白具有相互作用,可极大降低蛋白质互作假阳性结果可能性。SILAC技术和Co-IP-MS技术结合可用于高通量定量分析在特定情况下蛋白的互作蛋白网。
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