蛋白分析FAQ汇总

• • 可以分享一下蛋白鉴定的数据结果及分析方法吗？如果鉴定出几十种蛋白，该以哪个值为参考得出最优结果呢？

  介绍了蛋白质鉴定的常见数据结果，包括肽段质谱、碎片质谱、蛋白ID及覆盖率和置信度分数。同时，对如何分析这些数据，如数据库匹配、假阳性率估计和定量分析方法等进行了阐述。最后，介绍了如何选择最优结果的参考值。

• • CD检测溶液可以是有机溶剂？0.01M磷酸盐缓冲液制剂用流动相提取色谱峰正常，但用上述缓冲分裂，相关吸收波长下制剂组峰分叉为什么

  探讨了在CD检测中使用磷酸盐缓冲液时，液相色谱峰出现分裂现象的情况。讨论了溶液的要求、使用有机溶剂的注意事项，以及色谱峰分裂的可能原因，如溶液的pH、离子强度和有机成分的影响。

• • 质谱分析蛋白和蛋白之间或者预测怎么做

  1.样品准备：首先需要提取或制备包含目标蛋白质的样品。在研究蛋白质相互作用时，常用的策略是通过基因工程技术使目标蛋白质融合到一个"标签"上，然后在细胞内表达。

• • 从苦荞中提取的蛋白质用碱性蛋白酶酶解后，怎么获得酶解后的多肽，调ph到等电点、加三氯乙酸沉淀、直接离心哪种方法更好？

  评估从苦荞中获得酶解多肽的三种常用方法，分别为调整pH至等电点、加三氯乙酸（TCA）沉淀和直接离心。通过对比不同方法的优缺点，探讨其适用性和效果，以指导实验室在蛋白质处理中的选择。

• • native page跑蛋白，用什么仪器可以不染色直接看荧光蛋白？native page常用的marker有哪些

  介绍了在Native PAGE中如何利用荧光成像系统来直接观察荧光蛋白，而无需进行染色。同时，介绍了Native PAGE常用的标记物，如牛血清白蛋白、蓝色Native标记物、胞色素C、乳酸脱氢酶等，这些标记物用于验证电泳系统性能、确定电泳条件以及分子量标定。

• • Lc-ms出来的图谱，数据也会出来吗，还是说图要经过软件，转化为数据呀？

  阐述了液相色谱-质谱联用（LC-MS）技术中生成的图谱是原始数据的可视化表现，包含质荷比（m/z）和信号强度。然而，要获得更多信息，如分子结构、定量分析等，需要借助专门的数据处理软件。这些软件能够识别峰、解析数据、定量分析，并提供数据可视化和统计分析。

• • 蛋白表征是啥意思

  介绍了蛋白表征的概念及其在生物学研究中的重要性。蛋白表征涵盖了蛋白质结构分析、功能研究、相互作用分析、动力学研究以及后转录修饰分析等多个方面，有助于深入了解蛋白质的特性和作用机制。

• • 样品是混合物，主要成分是淀粉多糖跟混合蛋白质，可以用圆二分析其大分子的二级结构吗

  首先，你提到的圆二色谱（Circular Dichroism, CD）是一种常用于研究蛋白质二级结构的光谱技术。 理论上，圆二色谱可以用于分析混合物中蛋白质的二级结构，但是在实际操作中，如果样品中含有淀粉、多糖或其他非蛋白质成分，可能会对蛋白质的CD光谱产生干扰，影响解析蛋白质二级结构的准

• • 用string分析时，导入大量基因在网络图上没有显示出来是怎么回事

  String数据库是一种常用的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）数据库，用户可以通过输入一组蛋白质或基因名来生成PPI网络。如果出现输入的基因在网络图中没有显示出来的情况，可能有以下几种原因： 1.基因名无法识别或不匹配：你输入的基因名可能由于拼写错误或使用了错误的命名规则导致无法被Stri

• • 怎么判断一个蛋白的激活状态是磷酸化的还是去磷酸化的？

  确定一个蛋白激活状态是否与磷酸化或去磷酸化有关，可以采用以下几种方法: 1. 基于Bioinformatics进行预测: 利用生物信息学工具 (如GPS 2.0，NetPhos等) 可以预测蛋白质可能的磷酸化位点。如果预测的磷酸化位点位于蛋白质的功能域内，特别是位于酵母二倍体中保守的区