蛋白分析FAQ汇总

• • 蛋白胶打质谱前送样，胶需要放dd水里保存吗？蛋白会弥散、降解吗？

  在进行质谱前送样之前，蛋白胶可以放置在去离子水（ddH2O）中保存，但不建议长时间将蛋白胶放在去离子水中保存，因为这可能导致蛋白质弥散或降解。为保持蛋白质的稳定性，建议根据后续分析的具体要求选择适当的保存方法，如低温条件下短期保存或在适当的缓冲液中短期保存，最好尽快进行质谱分析以减少潜在的蛋

• • Q-tof能测中长肽吗？很多文献中Q-tof鉴定出来的基本是五肽以下的。

  Q-TOF能测量中长肽。虽然文献中常见于五肽及以下的分析，但通过优化实验条件，Q-TOF同样适用于中长肽的鉴定。   很多文献中Q-TOF常用于鉴定较短的肽段（例如五肽及以下），这主要是因为短肽更容易离子化和分析，而且离子化效率通常更高，使得检测更加敏感和准确。但这并不意味着Q-TOF不能用

• • 蛋白质串联质谱鉴定对肽段和碎片离子分析需要用到数据库吗？

  是的，蛋白质串联质谱鉴定需要使用数据库来分析肽段和碎片离子。数据库在此过程中的作用是提供一个参考框架，用于匹配和鉴定实验生成的肽段和碎片离子模式。常用的数据库包括蛋白质序列数据库，如UniProt和NCBI的RefSeq。这些数据库包含了大量的已知蛋白质序列信息，可以用来预测肽段的质量和可能

• • 蛋白组学检测出的独特肽段能否表明蛋白之间的从属关系？想找一个70kd左右的蛋白，蛋白组学分析中能否找到相对应的蛋白？

  蛋白组学检测中发现的独特肽段确实可以用来揭示蛋白质之间的从属关系。例如，如果两个蛋白质含有高度相似的独特肽段，这可能表明它们属于同一个蛋白质家族，具有相似的结构和/或功能。此外，独特肽段的存在可以帮助我们区分高度同源的蛋白质。

• • 请问做多肽的质谱鉴定，一般选用什么质谱仪？除了用Orbitrap Fusion Lumos，用Q-TOF可以吗？

  当然可以，Q-TOF因其高分辨率和准确的质量测定能力，也是多肽鉴定中的一个优选。进行多肽的质谱鉴定时，常用的质谱仪有：   1.Orbitrap系列（如Orbitrap Fusion Lumos）：提供高分辨率和高准确度的质量测量，适合复杂样本的深度分析。   2.Q-TOF（四极杆-飞行时

• • 请问pull down下拉的蛋白都能够通过质谱鉴定出来吗？

  不是所有pull down下拉的蛋白都能通过质谱鉴定。鉴定成功与否取决于多个因素：   1.蛋白质的丰度：高丰度蛋白容易被鉴定，而低丰度蛋白可能难以检测。   2.样品准备：样品处理过程中可能会丢失蛋白，尤其是对于易于降解或粘附于管壁的蛋白。   3.质谱灵敏度：质谱仪的灵敏度决定了能检测到

• • 请问有S-亚硝基化分析的protocol吗？

  一下是一份简化的S-亚硝基化蛋白分析protocol： 材料和试剂 目标蛋白质样品 缓冲溶液，例如PBS（磷酸盐缓冲盐水） 蛋白质提取试剂 蛋白质浓度测定试剂，例如BCA蛋白定量试剂盒 还原剂，如DL-二硫苏糖醇（DTT） 烷基化剂，如碘乙酰胺（IAM） 胰蛋白酶或其他蛋白酶 质谱仪（例

• • 做质谱分析得到了可能互作的蛋白，这个结果可以用什么图呈现到论文中

  质谱分析得到的可能互作蛋白可以通过多种图形展示，以下是几种常用的图形呈现方法：   1.互作网络图（Protein Interaction Networks）： 这是最直观的展示方法之一，可以清楚地显示蛋白质之间的互作关系。每个节点代表一个蛋白质，而节点之间的连线表示蛋白质之间的

• • 多肽合成之后到鉴定，已用生信法预测某序列的功能，如果多肽具有生物活性比如说抗凝血，可以直接用aptt试剂盒检测吗？

  可以，如果多肽具有潜在的抗凝血功能，可以使用活化部分凝血活酶时间（APTT）试剂盒进行直接检测。APTT试验是一种常用的血液凝固测试，能评估体内的凝血途径是否正常，特别是内源性凝血途径。通过测量在特定条件下血浆凝固所需的时间来评估抗凝血因子的影响，因此它非常适合用于评估多肽等小分子化合物的抗

• • 多肽合成之后到鉴定怎么做呢？现已用生信的方法预测了某序列的功能，想后续验证一下

  后续的验证可以参考一下几个方面： 1.多肽鉴定： 质谱分析（Mass Spectrometry, MS）：用于确定多肽的分子质量，确认合成的多肽与预期的一致。 氨基酸序列分析：通过串联质谱（MS/MS）分析多肽的氨基酸序列，确保序列正确无误。 液相色谱（HPLC）：