蛋白分析FAQ汇总

• • 如何准备用于蛋白质鉴定的凝胶样品？

  1.在水中彻底清洗凝胶，确保始终使用手套以避免角蛋白污染。使用以前未用于蛋白质印迹分析的干净容器。 2.将凝胶放在流动罩下的干净载玻片上。 3.尽可能靠近目标条带进行切胶，并放置在EP管中。如果没有流动罩可用，请提供整个凝胶和带注释的图片，图片需详细说明要分析的条带。 4.提交样品以及凝胶的

• • 如何准备用于蛋白质鉴定的下拉（pull-down）样品？

  我们需要10μg蛋白质来执行消化和分析步骤。我们可以对洗脱的或附着在磁珠上的蛋白质样品进行消化。所有情况均请提供关于所用诱饵蛋白/抗体的信息。 注意：对于所有下拉实验，至少需要两个样品：您的样品和阴性对照。这使我们能够将相互作用蛋白质与存在的任何污染物蛋白质区分开来。相关服务:Pull-do

• • 如何准备用于蛋白质鉴定的溶液样品？

  我们需要至少10μg蛋白质。请提供样品的缓冲液组成的详细信息。 注意：PEG，甘油和洗涤剂不适合进行质谱分析，必须在提交样品之前去除。我们可以尝试对较低体积/浓度样品的分析，但不能保证结果。可根据要求使用替代蛋白酶。相关服务:蛋白鉴定

• • 如何准备用于翻译后修饰分析的纯蛋白质/蛋白质复合物样品？

  我们要求至少20 μL样品，浓度为 20 μM。请提供样品的缓冲液组分的详细信息。在质谱分析之前需要脱盐，我们可以提供这项服务。相关服务:翻译后修饰蛋白组分析

• • TMT-SRM分析中可以包括多少蛋白质？

  TMT-SRM分析通常针对5-50个候选生物标记物进行。相关服务:基于TMT的蛋白质组学分析

• • 使用TMT-SRM分析可以分析哪些类型的样品？

  所有样本类型，包括细胞/组织裂解物、体液如脑脊液和血浆等，都可以进行TMT-SRM分析。相关服务:基于TMT的蛋白质组学分析

• • SWATH分析的离子库是如何生成的？其生成方式与Shotgun蛋白质组学或MRM相同吗？

  数据库实际上是由数据相关采集（DDA）生成的，也可以称为信息相关采集（IDA）。这种采集模式与鸟枪蛋白质组学相同，但与MRM模式不同。MRM模式用于分子或肽的靶向定量，在生成离子库时没有任何用处。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务

• • 为什么离子库不是用SWATH生成的？或者为什么数据库不是通过在MS和MS/MS级别对样本中的每个离子进行测序生成的？

  理想情况下应该是这样，因为理想情况下，仪器的速度足以在0.7Da的小窗口中扫描整个m/z范围，相当于MRM窗口，这也是可以用四极杆隔离的最小窗口。扫描常规m/z范围内的蛋白质（从350到1250 m/z）大约代表1285个0.7Da的单独窗口，在这个窗口中，必须分离和片段化前体离子以记录其片

• • SWATH质谱产生的碎片离子如何对应到蛋白质？

  一旦完成数据采集后成，每个离子的MS和MS/MS信息将映射到理论数据库中，以识别样本中存在的肽和蛋白质。这个过程可以通过多种算法完成，包括Mascot、OMSSA、ProteinPilot等。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务

• • SWATH采集通过顺序分析窗口来获取数据，通常这些数据是如何获取的？

  一般情况下，或在IDA模式下，数据是在扫描后获取的。扫描确定40种最强烈的离子，并且只对这些离子进行碎片处理。这意味着在一个固定的时间点上，只有被碎片化的离子才是被选中的最强烈的离子。在一个SWATH周期内，所有窗口都是按顺序获取的。例如：假设我们要覆盖350-1250 m/z的离子范围。窗