单细胞分析FAQ汇总

• • 进行ATAC测序需要配对末端数据吗？

  配对末端数据是首选，因为它们可以识别DNA片段的两端，这是转座酶切割的地方。配对末端读长倾向于提供更高的独特比对率，并允许您可靠地识别对核小体面积分析有用的核小体模式（单核小体、双核小体、三核小体）。相关服务:单细胞测序

• • 只有单端读取数据可以进行ATAC-seq分析吗？

  可以，虽然首选配对末端读数，但单末端读数仍可用于分析ATAC-seq数据。相关服务:单细胞测序

• • ATAC测序是否需要过滤特定插入大小的读长以进行进一步分析？

  较大的片段也可能以约200个碱基对的形式周期性出现，其可表示单核小体、双核小体和三核小体。这些片段可以过滤或用于推断核小体位置。较大的片段被排除在外，因为它们并不真正代表组蛋白之间的开放染色质区域。相关服务:单细胞测序

• • ATAC测序对齐插入尺寸有什么趋势？

  DNA以约147个碱基对周期性包裹组蛋白。因此需要添加Tn5 酶结合所需的碱基对，这会将片段增加到160-300bp之间。 观察插入片段的大小及其丰度，在大约50-100bp处有一个尖锐的初始峰，表明游离 DNA，然后大约每200bp出现几个较短的峰，表明单核小体复合物、双核小体复合物、三核

• • 如果ATAC测序样本有不同数量的reads，可以将它们统称为峰值吗？

  可以。当您有多个包含不同读长的样本时，具有较高读长的样本将自动缩小以匹配具有较少读长的样本。相关服务:单细胞测序

• • ATAC测序数据的推荐峰值设置（宽与窄）是多少？

  虽然ATAC测序可以生成窄区域和宽区域，但建议使用窄峰来捕获无核小体区域。相关服务:单细胞测序

• • 如何判断FRIP分数好坏？

  FRIP代表Reads In Peak的得分。它是在感兴趣的峰值中映射的那些reads与总reads的比率。由于大多数reads不会进入峰中，因此该比率很低。虽然ENCODE数据中的FRIP分数往往介于0.2-0.5之间，但建议最低FRIP分数为0.3。相关服务:单细胞测序

• • 线粒体DNA会在ATAC测序数据中引起噪音吗？

  是的，线粒体基因组会污染ATAC测序的结果。为了避免下游分析中出现问题，映射到线粒体基因组的reads会被删除。相关服务:单细胞测序

• • 什么是ATAC-Seq？

  ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。相关服务:单细胞测序

• • 什么是单细胞RNA测序？

  单细胞RNA测序提供了一个反映了批量样本中所含细胞的平均状态的表达谱，通过分析单个细胞，人们可以对样本中的各种细胞类型进行分类，确定样本中存在的不同细胞状态，甚至发现以前未知的细胞类型。单细胞测序可以一起处理的细胞数量从100个到数万个不等。相关服务:单细胞测序