单细胞分析FAQ汇总

• • 为什么相同的数据Cell Ranger分析后，得到的t-SNE图会不一样？

  t-SNE图是展示对细胞聚类一种展示形式，与PCA不同，t-SNE的非线形降维是不确定的，但这不影响数据分析结果。相关服务:单细胞测序

• • Cell Ranger可以去除多细胞捕获吗？

  不可以。Cell Ranger分析不能识别多细胞捕获，也不能去除多细胞。但可以通过细胞的UMIs或检测到的基因数目明显偏离异常，来进行过滤多细胞捕获的可能相关服务:单细胞测序

• • 相同的物种，但参考基因组版本不一致，可以一起整合分析吗？

  不能。要整合分析的数据，必须有相同的参考基因组。相关服务:单细胞测序

• • 为什么Reads Mapped to Genome明显低于常规水平？

  除样本中有不同物种细胞混合外，一般原因为物种与参考基因组不匹配。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞分析Cell Ranger可以分析多少细胞？

  理论上Cell Ranger可以分析500～10000个细胞，细胞数太少会导致分析结果不准确。相关服务:单细胞测序

• • 影响基因检出的因素有哪些？

  主要与样本类型和状态、测序饱和度以及参考基因组的注释完整度等因素相关。相关服务:单细胞测序

• • 影响捕获细胞数目的因素有哪些？

  主要影响细胞捕获数目多少的是样本处理成单细胞悬液的过程——细胞浓度与活性。样本物种类型及组织特点多样，如骨组织，灌洗液，成熟心肌组织或植物原生质体等，需要较为特殊的处理方式，以保障细胞活性；外周血单核细胞分离时需要注意避免其他细胞的污染等。相关服务:单细胞测序

• • 拟时分析有什么要求？

  拟时分析默认使用Monocle2软件，单样本与多样本均可进行拟时分析，需要客户提供在哪个/些样本上，哪种“分组”（可以是分群方式，样本，时间段，组间等）的基础上进行拟时分析。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞转录组3'实验与5'实验的区别有哪些？

  两者方法相似，只是10X文库捕获 polyadenylated 尾的转录本时不同，3’试验 polydT 引物位于 gel bead oligo（凝胶珠寡头上）而 5’试验 polydT 供给是在 RT 引物里。相关服务:单细胞测序

• • TSO(template switch oligo)是什么？

  TSO是一种寡核苷酸，在逆转录过程中，它与逆转录酶添加的未模板化的C核苷酸杂交。TSO为全长cDNA添加了一个通用的5'序列，用于下游cDNA扩增。相关服务:单细胞测序