单细胞分析FAQ汇总

• • 应该提供什么材料进行单细胞RNA测序？

  1、预制库-如来自10X Genomics、Drop Seq、FAC分选的平板细胞、Fluidigm C1和In-Drop的预制库；2、cDNAs-由于从单个细胞中分离出的RNA数量很小，因此样本不如裸RNA稳定，建议将从样本提取的RNA转换为cDNA；3、10X Chromium细胞悬浮液

• • 单细胞RNA测序对样品有什么要求？

  1、预制库-必须提供琼脂糖凝胶电泳图谱或显示文库大小的图谱以表明没有可检测到的二聚体残留。2、cDNA-由于单个细胞的cDNA浓度通常太低，无法通过NanoDrop或高灵敏度仪器检测，因此在进行测序之前会对最终文库进行鉴定。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞RNA测序需要多少reads？

  建议每个细胞的reads范围为40000-100000。10X Genomics能够使用Cellranger软件估计在MiSeq上运行的文库QC数据中表示的细胞数，因此能够更准确地确定要获取的读取数。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞测序每个样品需要多少个细胞？

  理想情况下需要至少500000个悬浮细胞才能使用10x Genomics单细胞测序服务。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞测序每个样本应该锁定多少个细胞？

  这取决于具体的实验目的和样本类型。通常每个样本会锁定3000到8000个细胞。相关服务:单细胞测序

• • 可以用FACS分类来富集单细胞测序样本吗？

  当然可以，在寄送样品之前，可以进行FACS分类以富集感兴趣的细胞类型。相关服务:单细胞测序

• • 批量RNA序列和单细胞RNA序列有什么区别？

  标准或批量RNA测序是分析样本中所有细胞类型的平均基因表达。在典型的实验中，批量RNA测序通常对数百万个细胞进行取样，并检测15000-18000个转录本，但不可能确定每个转录物来自哪个细胞。相比之下，在单细胞RNA测序中，单个细胞在捕获步骤中被编码，这允许每个转录物最终分配给特定细胞。相关

• • Cell Ranger与 Seurat软件分析的区别？

  二者侧重不同，Cell Ranger侧重于拆库定量，可以得到cell-gene矩阵，初步的细胞聚类分型结果及cloup可视化软件。Seurat分析基于Cell Ranger结果进行，在参数调整，差异基因展示，细胞周期分析等方面更具优势，可进行数据挖掘。但Seurat结果的可视化操作不佳，需要

• • 细胞类型定义的方法有哪些？

  1、根据文献积累，细胞类型相关的数据库BD Rhapsody、CellMarker等；2、根据单细胞分析软件如：Seurat和monocle，通过预测辅助进行细胞类型定义；3、细胞定义软件SingleR；4、其他在线分析工具等。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞数据需要去除细胞周期基因吗？

  细胞周期阶段的异质性，特别是有丝分裂细胞在S期和G2/M期之间的过渡，可以驱动大量的转录组可变，可能会掩盖某些生物信号。为了减弱这种可能存在的批次效应，有时会去除该变异源。当然，这需要根据研究方向与内容，判断是否需要。相关服务:单细胞测序