单细胞分析FAQ汇总

• • ScATAC-seq可以进行哪些类型的数据分析？

  1、将输入归一化为每个细胞的相同中值片段（灵敏度）；2、检测可获取的染色质峰；3、为聚合数据的峰值和转录因子生成计数矩阵；4、降维；5、细胞聚类；6、聚类差异可及性。相关服务:单细胞测序

• • 隔夜运输的样品可以进行单细胞测序吗？

  可以，但是主要注意的是基因表达模式在运输和储存过程中可能会发生变化，某些脆弱的细胞类型，如中性粒细胞会丢失，因为它们可能在长期储存过程中死亡。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞测序每个样本可以测序多少个细胞？

  根据实验目的和样本可用性，捕获和分析的细胞总数可能在每个样本500-10000个细胞之间变化。细胞数量越多，加倍率越高（每滴两个或更多细胞），测序饱和率越低。因此，在大多数实验中，每个样本针对3000-6000个细胞。相关服务:单细胞测序

• • 死细胞如何影响单细胞测序的数据？

  死亡细胞和细胞碎片的存在可以在许多方面影响单细胞RNA测序，如影响液滴捕获、增加环境RNA和错过测序目标等。一般要求活细胞率达到85%以上，若活细胞率低于70%会进行死细胞清除。相关服务:单细胞测序

• • 可以对任何物种进行单细胞测序吗？

  是的，从理论上讲，可以使用参考基因组分析任何物种。相关服务:单细胞测序

• • 我可以寄送那些类型的样品进行ATAC-Seq？

  冷冻保存的细胞、冷冻的植物组织和与Illumina兼容的预制文库都可进行ATAC测序。为了获得循环保存细胞的高质量数据，用于制备ATAC-Seq文库的样品最好提供3管，每管10万-20万个细胞，且活细胞率大于90%。相关服务:单细胞测序

• • 如何制备ATAC-Seq的样品？

  样品类型：冷冻保存的细胞 推荐量：3管，每管500μL，至少含50万个细胞 最小量：3管，每管500μL，至少含10万个细胞 缓冲液：冷冻保存培养基（例如添加10%二甲基亚砜的细胞培养基） 装运方式：干冰

• • ATAC测序数据中，有哪些重要的质控指标？

  库复杂性：库复杂性代表文库中正在测序的读长的数量，它与细胞的数量呈正相关。在ATAC测序中，细胞太少会导致过度转座（或过度消化）产生大量的小片段，而细胞过量会造成转座不足产生大量非常大的片段。 碱基质量：碱基响应的质量由分数（PHRED分数）

• • 覆盖度和读取深度有什么区别？ATAC测序数据需要多少reads？

  覆盖率和读取深度是衡量文库测序情况的指标。从视觉上看，覆盖率是从水平方向来说的，而读取深度是从垂直方向来说的。覆盖率或覆盖宽度回答了“测序覆盖了多少样本？”。它可以表示为测序读数覆盖的碱基百分比，例如95%的覆盖率表明样本中95%的碱基已经测序。

• • ATAC-seq数据的预期重复率是多少？

  重复读长通常是文库制备过程中PCR重复的结果，在预处理步骤中，这些读长被标记并删除。 由于Tn5 酶的插入是随机的，因此PCR重复代表伪影，可能会影响下游分析。低重复率 (< 5-10%) 是最佳选择，虽然稍高的重复率仍然可以接受 (< 20-30%)，但较高的百分比可能表明样品制备步骤存在