单细胞分析FAQ汇总

• • 什么是单细胞多组（Single-Cell Multiome ）？

  单细胞多组即scRNA结合scATAC，其可以测量基因表达并绘制来自同一细胞的开放染色质。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞多组学只针对人类样品吗？

  Single-Cell Multiome 与人类和小鼠样本兼容。 其他物种在生物信息学上不受支持（Cell Ranger 软件仅限于人类和小鼠）。​相关服务:单细胞测序

• • 单细胞多组学分析需要多少样品细胞？

  冷冻保存的细胞：25-200万个；或冷冻组织20-50mg。相关服务:单细胞测序

• • Single-Cell Multiome与FFPE/降解样品兼容吗？

  不兼容。因为福尔马林固定过程会导致DNA降解，这会对染色质结构造成不利影响，从而对数据产生负面影响。相关服务:单细胞测序

• • 死细胞如何影响ScATAC测序数据？

  细胞活力低会导致Chromium控制器中的细胞恢复不可靠，进而导致测序目标缺失和结果欠佳。此外，死亡或凋亡细胞释放的环境DNA片段会增加背景噪音，从而影响数据质量。为了最大限度地提高单细胞项目中有用的测序数据量，必须尽量减少死细胞的存在。我们建议细胞活力超过90%，最低为70%。存活率低于7

• • 死细胞去除（Dead cell removal,DCR）的原理是什么？

  死细胞去除(DCR)通过使用与膜联蛋白V抗体偶联的磁珠来捕获死细胞以丰富活细胞样本。膜联蛋白V是死细胞和凋亡细胞的标记物，与膜联蛋白V抗体偶联的磁珠能特异性识别并结合膜联蛋白V，通过洗脱等过程即可去除样品中的死细胞。相关服务:单细胞测序

• • 如何准备和寄送ScATAC-seq样品？

  样品类型：冷冻保存的单细胞悬液，一式两份； 推荐量：1mL样品中至少含1M细胞； 最小量：500µL样品中含10万个细胞（注意：去除死细胞需要 1M细胞）；

• • ScATAC测序分析使用何种平台和读取长度？

  ScATAC-Seq通常在10x Genomics Chromium系统结合Illumina NGS测序平台完成，Chromium系统使用微流控芯片将细胞分隔到数以万计的 Gel Beads-In-Emulsion (GEM) 中，这种组合使研究人员能够以高通量方式从生物信息学上识别数百到数

• • 在Chromium系统上，每个样本可以对多少个细胞进行ScATAC测序？

  揭示整个组织或细胞群的表观遗传调控的全部多样性通常需要分析数百到数千个活细胞。借助我们的单细胞工作流程，研究人员可以灵活地指定要测序的细胞数量，每个样本 500 到 10,000 个细胞。 对于大多数实验，我们通常建议针对每个样本定位 3,000 个细胞，但对于高度多样化的样本，最多针对10

• • ScATAC测序需要多少reads？

  所需的reads数量取决于基因组大小、已知基因的数量、细胞类型和样本的染色质状态。对于大多数研究，50,000个read对是scATAC-Seq的最小读取深度（25,000个read1；25,000个reads2）。我们建议每个细胞总共读取75,000次，以最大限度地识别每个细胞中的开放染色