单细胞分析FAQ汇总
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一般来说,新鲜制备的样品将提供最佳数据,其次是冷冻保存。冷冻保存在解冻过程中会导致失去一些细胞,但转录组是可比较的(特定于样品)。我们不支持在单细胞基因表达或单细胞免疫分析中使用其他固定类型,例如破坏膜稳定性的甲醛,这是保持分析的“单细胞性”所必需的。此外,核酸的交联和降解可能会影响数据质量
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单细胞基因表达解决方案旨在对真核细胞中的多聚腺苷酸化 mRNA 分子进行分区和条形码化。虽然目前还没有已知的可分离细胞大小的下限,但10x 单细胞3'试验不太可能有效地裂解微生物。此外,大多数微生物转录本不会有 3' poly腺苷酸化尾巴,也不会被我们的检测捕获。相关服务:单细胞测序
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ATAC测序大致分为两个部分,即细胞制备和转座。细胞制备:第一步需要收获细胞。由于用于ATAC-Seq分析的细胞数量对于转座反应和生成的DNA片段的大小分布至关重要,因此对细胞进行计数非常重要。此外,细胞应完好无损,并且是均匀的单细胞悬浮液。收获后,用非离子型去污剂裂解细胞以产生纯细胞核。转
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单细胞ATAC-Seq(scATAC-Seq)可以以单细胞分辨率识别开放/可及的基因组区域。相关服务:单细胞测序
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scATAC-Seq可在单细胞分辨率下鉴定染色质的开放区域,当在检查异种细胞群体时可以鉴定单个样品中细胞亚群之间染色质可及性的变化。换句话说,普通的ATAC-Seq无法区分样品中亚群的开放染色质区域或亚群之间开放染色质的差异。相关服务:单细胞测序
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一站式scATAC-Seq服务通常包含三个QC步骤:1、生成scATAC-Seq文库后,使用TapeStation或等效工具评估每个文库的质量和片段大小,并使用qPCR确认总量。2、浅测序(读取5-10M reads)并进行分析以评估质量指标(FRIP和峰数),然后再进行深度测序。3、全面测
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scATAC-Seq与人类和小鼠样品均兼容。相关服务:单细胞测序
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不兼容。因为福尔马林固定过程会导致DNA降解,这会对染色质结构造成不利影响,从而对数据产生负面影响。相关服务:单细胞测序
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scRNA-Seq可用于识别复杂样本中具有不同转录组特征的细胞亚群,无需使用FACS或磁性分选等分离策略,不会因样本操作而改变样本的生物学特性。相关服务:单细胞测序
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批量转录组测序可以评估由于实验条件引起的表达变化(它不是单个细胞类型特有的),单细胞转录组测序能够评估细胞类型之间的差异或发现细胞类型。单细胞转录组测序数据比批量转录组测序大得多。相关服务:单细胞测序
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