单细胞分析FAQ汇总

• • ScATAC-Seq如何进行质控？

  一站式scATAC-Seq服务通常包含三个QC步骤：1、生成scATAC-Seq文库后，使用TapeStation或等效工具评估每个文库的质量和片段大小，并使用qPCR确认总量。2、浅测序（读取5-10M reads）并进行分析以评估质量指标（FRIP和峰数），然后再进行深度测序。3、全面测

• • ScATAC-Seq是否专门针对人类样本？

  scATAC-Seq与人类和小鼠样品均兼容。相关服务:单细胞测序

• • ScATAC-Seq与FFPE/降解样品兼容吗？

  不兼容。因为福尔马林固定过程会导致DNA降解，这会对染色质结构造成不利影响，从而对数据产生负面影响。相关服务:单细胞测序

• • ScRNA-Seq有哪些优势？

  scRNA-Seq可用于识别复杂样本中具有不同转录组特征的细胞亚群，无需使用FACS或磁性分选等分离策略，不会因样本操作而改变样本的生物学特性。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞转录组测序与批量转录组测序有何不同？

  批量转录组测序可以评估由于实验条件引起的表达变化（它不是单个细胞类型特有的），单细胞转录组测序能够评估细胞类型之间的差异或发现细胞类型。单细胞转录组测序数据比批量转录组测序大得多。相关服务:单细胞测序

• • 什么是单细胞多组（Single-Cell Multiome ）？

  单细胞多组即scRNA结合scATAC，其可以测量基因表达并绘制来自同一细胞的开放染色质。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞多组学只针对人类样品吗？

  Single-Cell Multiome 与人类和小鼠样本兼容。 其他物种在生物信息学上不受支持（Cell Ranger 软件仅限于人类和小鼠）。​相关服务:单细胞测序

• • 单细胞多组学分析需要多少样品细胞？

  冷冻保存的细胞：25-200万个；或冷冻组织20-50mg。相关服务:单细胞测序

• • Single-Cell Multiome与FFPE/降解样品兼容吗？

  不兼容。因为福尔马林固定过程会导致DNA降解，这会对染色质结构造成不利影响，从而对数据产生负面影响。相关服务:单细胞测序

• • 死细胞如何影响ScATAC测序数据？

  细胞活力低会导致Chromium控制器中的细胞恢复不可靠，进而导致测序目标缺失和结果欠佳。此外，死亡或凋亡细胞释放的环境DNA片段会增加背景噪音，从而影响数据质量。为了最大限度地提高单细胞项目中有用的测序数据量，必须尽量减少死细胞的存在。我们建议细胞活力超过90%，最低为70%。存活率低于7