ATAC测序数据中,有哪些重要的质控指标?

    库复杂性:库复杂性代表文库中正在测序的读长的数量,它与细胞的数量呈正相关。在ATAC测序中,细胞太少会导致过度转座(或过度消化)产生大量的小片段,而细胞过量会造成转座不足产生大量非常大的片段。 碱基质量:碱基响应的质量由分数(PHRED分数)定义,该分数是使用响应核苷酸出错的概率计算的。PHRED分数越高,质量越高,出错的概率越低。 比对:一旦碱基响应被编译为reads,就必须将它们准确地与基因组比对。两个指标很好地反映了测序反应的质量。校准率表示映射到基因组上的reads的百分比,最佳值超过90%。比对的质量,或reads与基因组特定区域的匹配程度,被称为MAPQ分数。最高的MAPQ值(255)用于表示单个区域对应的唯一reads,最低的MAPQ值(0)用于表示匹配到许多区域的reads。


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