单细胞分析FAQ汇总

• • V2与V3试剂有什么区别？

  1、在UMI序列于barcode库方面：V2试剂的UMI序列为10bp，barcode库约75万；V3试剂的UMI序列为12bp，barode库 约360万；2、在检测基因数量上：V3试剂基因检出有所增多，但成本更高，建库价格更高。相关服务:单细胞测序

• • V2与V3两种试剂结果可以整合分析吗？

  两种试剂结果可以进行 Cell Ranger 的 aggr 整合，也可以用 Seurat 软件整合。相关服务:单细胞测序

• • 如何计算上机细胞数目？

  以10X Genomics为例，根据细胞浓度（cell/ml）、cell/NF水信息计算细胞数目。上机细胞数目=（细胞浓度×cell)/103个。相关服务:单细胞测序

• • QC报告中，为什么read2的GC distribution over all sequences出现双峰？是否会影响分析结果？

  有可能是纯化过程不够纯，导致测序接头污染；也有可能是文库自身特点。若是测序接头污染导致的，在Cell Ranger分析中STAR比对时，接头序列会被排除在外，不会对细胞聚类分型结果有任何影响。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞测序的原始数据以什么格式输出？

  测序下机得到的原始数据（Sequenced Reads，测序读段）通常是压缩的fastq格式。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞转录组测序中PE150（2*150）表示什么意思？

  PE150（2*150），即双端测序，每条read长150bp。测序数据量=150bp×2端×read数。双端测序，一个RNA片段（即fragment，也叫read）会测出来2条序列。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞转录组测序FastQC报告中，为什么read2的duplication水平高低不定？

  10X单细胞转录组仅测序3’（或5’）端的150bp，不同的转录本可能对应相同的一个基因。且当某一个基因表达量很高时，对应得UMI计数会更高，而细胞数量又很大，所以duplication水平会很高。相关服务:单细胞测序

• • 为什么单细胞样本中线粒体的基因表达较高？

  线粒体基因在多数细胞中均有表达，其表达水平与细胞类型，状态有关。高表达水平可能原因：1）样本质量差，较多的细胞处于凋亡或溶解状态，如果只是单个或较少cluster的细胞含有差异上调的线粒体基因和较低的总UMI count，这个cluster可能为死的 或凋亡的细胞。2）样本的独特性，如肿瘤或

• • 在Cell Ranger分析与cloup中，如何计算“Log2 Fold Change”？

  “Log2 Fold Change”是归一化平均基因UMI计数，每个cluster或组中，相对于所有其他cluster或组的比值。由相应的公式进行计算。相关服务:单细胞测序

• • 什么是测序饱和度？

  测序饱和度是在实验中对文库复杂度进行测序的分数。测序饱和度的反比可以解释为一个新的read所能找到的新转录本的数量。如果测序饱和度为50%，则意味着每2个新的reads将检测到1个新的UMI count (unique transcript)。相比之下，90%的测序饱和度意味着需要10个新的