单细胞分析FAQ汇总

• • 细胞数目不足10^6是否可以做10X 单细胞转录组测序？

  可以做，只是有风险，如果细胞数过低，很有可能会存在计数不准确的情况相关服务:单细胞测序

• • 细胞活性低对单细胞转录组测序有什么影响吗？

  细胞活性过低时，细胞内的RNA可能会发生降解，从而得到的数据无法准确反映每个细胞样品内转录本的表达情况，影响基因检出。相关服务:单细胞测序

• • 需要对线粒体基因进行过滤吗？

  一般视情况而定，如果线粒体基因比例高，可以进行线粒体基因过滤。相关服务:单细胞测序

• • 质谱流式与传统流式相比有哪些优势？

  1、质谱流式平台检测的通道较多，且各通道间互不干扰，无需计算补偿；2、质谱流式平台采用金属标记策略，背景信号极低；3、处理数据的方式多样，可以对样品进行深入分析。相关服务:单细胞质谱流式技术分析

• • 如何制备单细胞质谱流式的样本？

  单细胞质谱流式技术所需样本为单细胞悬液，不同的组织细胞制备的方法有所不同，一般流程为细胞分离、染色、刺激、固定和保存。相关服务:单细胞质谱流式技术分析

• • 10x Genomics单细胞测序可以测哪些类型的RNA？

  含有polyA尾巴的mRNA都可以利用10x Genomics测序平台进行测序，包括真核生物的mRNA、lncRNA以及有polyA的部分病毒的RNA。相关服务:单细胞测序

• • 10x Genomics单细胞测序平台和smart-seq测序平台有什么区别？

  在通量上，10x Genomics平台是一个样本建一个库，smart-seq是一个细胞建一个文库；其次，Smart-seq是一个全长转录组的测序，10x Genomics平台针对3’端或5’端的150bp的测序。相关服务:单细胞测序

• • 10x Genomics单细胞测序数据可以和smart-seq一起分析吗？

  可以的。不过数据需要标准化。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞测序的数据可以进行后续分析？

  可以分析case组是否存在特殊类群细胞、case组和control组有多少特定细胞类群以及case和control组的差异表达基因等。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞聚类图形填充选择tsne还是umap？

  tsne和umap降维获得的细胞对于cluster结果是一样的，所以两者均可选择。在进行可视化分析时，umap采用的算法是达到局部最优，tsne达到的是整体最优。相关服务:单细胞测序