单细胞分析FAQ汇总

• • 降维进行细胞聚类分析时，有些主成分并不是按照递减的规律存在的，该怎么办？

  这种情况可以进行维度选择来进行聚类降维。相关服务:单细胞测序

• • 做细胞聚类分析时如何选择分辨率？

  单个样本进行聚类分析主要看每个cluster的差异基因表达量热图，好的分辨率一般表现为每个cluster中其条线出来的差异基因在该cluster中表达量高，而在其他cluster中表达量低。于有多个样本的情况，除了看差异基因聚类热图外，还要关注样本之间的差异。相关服务:单细胞测序

• • 什么是批次效应？

  批次效应是由测序时间、仪器不同或者加测的情况所形成的不同的数据批次。相关服务:单细胞测序

• • 如何处理批次效应？

  可以利用软件算法去除多组数据中的批次效应，如Seurat包的CCA(canonical correlation analysis)、LIGER的NMF(non-negative matrix factorization)、Scran包的mnnCorrect和Seurat包的sctransfo

• • 单细胞测序策略有哪些？

  单细胞全基因组重测序、单细胞外显子测序、单细胞转录组测序、单细胞LncRNA测序。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞扩增技术有哪些？

  常用的有MALBAC单细胞扩增技术和多重置换单细胞扩增技术（MDA）等。相关服务:单细胞测序

• • 单细胞样品如何寄送？

  将单细胞样品保存于不含Ca2+和 Mg2+的PBS 缓冲液中，使用干冰运输。相关服务:单细胞测序

• • 常用的单细胞分拣方法有哪些？

  常用的单细胞分拣方法有梯度稀释、显微操控、流式分拣、微流控芯片以及C1单细胞全自动制备系统等。相关服务:单细胞测序

• • fast质控结果中read1的质量和GC含量图分布为什么出现异常?

  1由于10X特殊的实验方式，测序结果read1从起始1bp至16bp为barcode序列，紧接着是10bp（或12bp）的UMI序列，再接着是ploy(dT)VN，由于序列的特殊结构，导致26bp（或28bp）之后的碱基测序质量和GC分布抖动，这是正常现象，而且10x Cell Ranger

• • fast质控结果中read1序列30bp后没有oligdT的峰值？

  理论上reads1序列30bp后有oligdT序列，FastQC的ATCG分布图呈现dT峰值。而有些reads1序列30bp后dT峰值不明显，可能是由于：1、测序质量差，导致fastQC没有dT峰值，序列没有有oligdT结构；2、跟测序平台相关， 若平台为NovoSeq 测序，包lane则