蛋白分析FAQ汇总

• • 多肽质谱数据一般用什么软件处理呢？

  处理多肽质谱数据通常使用以下软件：   1.MaxQuant： 适用于蛋白质组学数据的定量分析，特别是液相色谱-质谱（LC-MS/MS）数据。   2.Proteome Discoverer： Thermo Fisher Scientific提供，用于蛋白质鉴定和定量的综合平台。   3.M

• • KEGG通路注释及富集分析在有代谢组数据和转录组数据的情况下，怎么筛选差异基因？

  在有代谢组和转录组数据的情况下，进行KEGG通路注释及富集分析以筛选差异基因，可以遵循以下步骤： 1. 数据预处理 转录组数据： 质量控制：使用工具如FastQC检查原始序列数据的质量，然后使用Trimmomatic或fastp进行质量修剪。 序列比对：使用比对工具（如HISAT2、STA

• • 用非标记定量的SWATH技术能不能找到差异蛋白？只有用TMT标记蛋白质组学才用C18除盐吗？

  使用非标记定量的SWATH技术也能找到差异蛋白，并用于后续分析。SWATH作为一种数据独立获取（DIA）技术，可以实现大规模的蛋白质组定量分析，不依赖于前期的标记。C18除盐也不仅限于TMT标记的蛋白质组学研究，它是一种通用的样品准备步骤，用于提纯蛋白质样本中的肽段，减少样品复杂性，适用于多

• • dia模式是交替扫描，还是是先扫一级再扫二级？

  DIA（数据独立获取）模式是先扫描一级质谱（MS1），然后在预设的窗口范围内系统地扫描二级质谱（MS2），覆盖整个质量范围，而不是基于先前选择的前体离子。这种方式确保了更广泛的样品覆盖和更高的数据重现性，与交替扫描或基于特定前体离子的选择性扫描（如在SRM或PRM模式中）不同。

• • 怎么提取蛋白纯化蛋白呢？

  蛋白提取：首先根据蛋白的来源和特性准备样本。如果蛋白来自细胞或组织，需要通过物理或化学方法破碎细胞，释放蛋白到溶液中。然后使用裂解缓冲液（包含适当的盐、缓冲剂和可能的蛋白酶抑制剂）破碎细胞，释放蛋白质到溶液中，接下来通过离心分离细胞碎片和未破碎的细胞，收集含有蛋白的上清液。可能需要多次离心，

• • 多肽质谱鉴定：一般血清能测到多少个肽段？

  在血清样本中，使用质谱鉴定通常可以检测到几百到几千个肽段，具体数量取决于分析的灵敏度和深度。通常，现代质谱仪可以检测成千上万个不同的多肽，但是在不进行富集的情况下，从复杂的血清样本中直接检测到的多肽数量可能会较少。     多肽质谱鉴定 多肽组学分析 多肽测序 多肽从头测序 肽纯度分析 分子

• • 蛋白胶打质谱前送样，胶需要放dd水里保存吗？蛋白会弥散、降解吗？

  在进行质谱前送样之前，蛋白胶可以放置在去离子水（ddH2O）中保存，但不建议长时间将蛋白胶放在去离子水中保存，因为这可能导致蛋白质弥散或降解。为保持蛋白质的稳定性，建议根据后续分析的具体要求选择适当的保存方法，如低温条件下短期保存或在适当的缓冲液中短期保存，最好尽快进行质谱分析以减少潜在的蛋

• • Q-tof能测中长肽吗？很多文献中Q-tof鉴定出来的基本是五肽以下的。

  Q-TOF能测量中长肽。虽然文献中常见于五肽及以下的分析，但通过优化实验条件，Q-TOF同样适用于中长肽的鉴定。   很多文献中Q-TOF常用于鉴定较短的肽段（例如五肽及以下），这主要是因为短肽更容易离子化和分析，而且离子化效率通常更高，使得检测更加敏感和准确。但这并不意味着Q-TOF不能用

• • 蛋白质串联质谱鉴定对肽段和碎片离子分析需要用到数据库吗？

  是的，蛋白质串联质谱鉴定需要使用数据库来分析肽段和碎片离子。数据库在此过程中的作用是提供一个参考框架，用于匹配和鉴定实验生成的肽段和碎片离子模式。常用的数据库包括蛋白质序列数据库，如UniProt和NCBI的RefSeq。这些数据库包含了大量的已知蛋白质序列信息，可以用来预测肽段的质量和可能

• • 蛋白组学检测出的独特肽段能否表明蛋白之间的从属关系？想找一个70kd左右的蛋白，蛋白组学分析中能否找到相对应的蛋白？

  蛋白组学检测中发现的独特肽段确实可以用来揭示蛋白质之间的从属关系。例如，如果两个蛋白质含有高度相似的独特肽段，这可能表明它们属于同一个蛋白质家族，具有相似的结构和/或功能。此外，独特肽段的存在可以帮助我们区分高度同源的蛋白质。