蛋白分析FAQ汇总
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SWATH作为一种DIA技术，将整个质谱扫描质量范围分为若干小窗口，依次对每个窗口的所有离子进行碎裂，使其能够对扫描区间内的所有肽段离子进行高速一级MS扫描再进行二级MS/MS分析，以获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息，然后基于提取Transition峰面积计算出肽段含量，通过肽段含量推理
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1、SWATH定量对样品中的所有分子无差别地进行分析，并一次性将所有肽段的MS、MS/MS数据进行储存，以保证不遗漏任何可能重要的数据，极大的提高了定量分析的可信度，并能够高效测定复杂样品中丰度极低的蛋白分子；2、SWATH无偏差分析所有分子，不需要提前对检测方法进行优化，只需要在已获得检测
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SWATH技术定量准确、重复性好且动态范围广，只是其通量不如iTRAQ高，但是仍然能鉴定2500-3000个左右的蛋白。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务
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SWATH技术可鉴定的蛋白数量大概在2500-3000之间，与样品的蛋白质丰度、复杂度等也相关。最近有学者利用DIA/SWATH技术在Hela细胞中定量鉴定到了4000个蛋白，说明随着技术的发展，SWATH技术的通量也在提高。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务
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对蛋白样品的类型和来源没有特殊要求，如果样品物种已经有可参考的基因组、转录组或者蛋白数据库最好，样本量至少保证在10ug以上。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务
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1、iTRAQ可鉴定低丰度蛋白；2、克服修饰蛋白干扰；3、通量高，可定性定量鉴定成百上千种蛋白，且一次实验可同时标记4-8个样本。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC
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• Label free、iTRAQ、TMT、SILAC和SWATH蛋白定量技术该如何选择？
Label free、iTRAQ、TMT、SILAC和SWATH是目前主流的基于质谱的蛋白质定量技术，这五种技术的原理和优劣各有不同，实际应用时可根据自己的需求进行选择。Label free非标定量价格相对便宜，但是不能避免系统误差，定量的准确性稍差；iTRAQ和TMT都是体外同位素标记定量
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蛋白质组学可以对样品中的蛋白质进行大规模的定性定量鉴定、翻译后修饰状态鉴定、差异蛋白分析、相互作用网络分析以及蛋白质功能分析等，可用于筛选鉴定潜在生物标志物、重要信号通路，实现疾病的分子分型分析等。相关服务:蛋白质组学
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二者都可以用于蛋白质定性定量鉴定分析、相互作用分析等，蛋白芯片旨在对特定的感兴趣蛋白进行研究或验证，可以理解为具有一定的靶向性；质谱技术既可以用于从大量蛋白中筛选感兴趣蛋白也可以只对感兴趣蛋白进行研究，可用于靶向和非靶向蛋白质组学研究。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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首选该物种的全蛋白序列库，如果该物种未进行全基因组测序或没有预测的全蛋白序列库，也可以选择该物种的转录组测序数据；若这两者都没有，可以选择与该物种亲缘关系最近的或者所在属/科的蛋白质数据库。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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