蛋白分析FAQ汇总
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SWATH技术可鉴定的蛋白数量大概在2500-3000之间，与样品的蛋白质丰度、复杂度等也相关。最近有学者利用DIA/SWATH技术在Hela细胞中定量鉴定到了4000个蛋白，说明随着技术的发展，SWATH技术的通量也在提高。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务
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对蛋白样品的类型和来源没有特殊要求，如果样品物种已经有可参考的基因组、转录组或者蛋白数据库最好，样本量至少保证在10ug以上。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务
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1、iTRAQ可鉴定低丰度蛋白；2、克服修饰蛋白干扰；3、通量高，可定性定量鉴定成百上千种蛋白，且一次实验可同时标记4-8个样本。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC
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• Label free、iTRAQ、TMT、SILAC和SWATH蛋白定量技术该如何选择？
Label free、iTRAQ、TMT、SILAC和SWATH是目前主流的基于质谱的蛋白质定量技术，这五种技术的原理和优劣各有不同，实际应用时可根据自己的需求进行选择。Label free非标定量价格相对便宜，但是不能避免系统误差，定量的准确性稍差；iTRAQ和TMT都是体外同位素标记定量
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蛋白质组学可以对样品中的蛋白质进行大规模的定性定量鉴定、翻译后修饰状态鉴定、差异蛋白分析、相互作用网络分析以及蛋白质功能分析等，可用于筛选鉴定潜在生物标志物、重要信号通路，实现疾病的分子分型分析等。相关服务:蛋白质组学
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二者都可以用于蛋白质定性定量鉴定分析、相互作用分析等，蛋白芯片旨在对特定的感兴趣蛋白进行研究或验证，可以理解为具有一定的靶向性；质谱技术既可以用于从大量蛋白中筛选感兴趣蛋白也可以只对感兴趣蛋白进行研究，可用于靶向和非靶向蛋白质组学研究。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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首选该物种的全蛋白序列库，如果该物种未进行全基因组测序或没有预测的全蛋白序列库，也可以选择该物种的转录组测序数据；若这两者都没有，可以选择与该物种亲缘关系最近的或者所在属/科的蛋白质数据库。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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1、可能IP实验本身存在假阳性；2、目标蛋白的丰度太低未达到质谱检测的标准；3、样品中存在高丰度污染蛋白，其质谱信号覆盖了目标蛋白的信号。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定
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全谱分析和定量分析都能鉴定到大量的蛋白质，他们能鉴定到的具体蛋白数量与样品的复杂程度也有一定关系，通常情况下，全谱分析可以鉴定3000个蛋白左右，定量分析可鉴定的蛋白在6000个左右。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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可以通过WB、ELISA、IHC、qPCR等实验对组学结果进行验证，如果验证结果与组学结果不一致可以再试试其他的验证方法，当多种验证结果都与组学结果存在出入时，可以考虑组学结果是否存在假阳性，是否需要重新筛选差异靶点。相关服务:蛋白质组学
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