蛋白分析FAQ汇总

一般考染后肉眼清晰可见的胶条/胶点都可以用于质谱鉴定。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

银染的样品有可能与后续的质谱分析不兼容，我们推荐您使用下面的产品或者实验步骤进行银染实验：ProteoSilver Plus, Sigma (Product # PROTSIL1 or PROTSIL2)、Dodeca Silver Stain, BioRad (Product # 161-

胶条鉴定主要是对胶条中的蛋白质进行定性鉴定，如果想要知道这些蛋白质的含量，可以根据蛋白的谱图数量进行粗略的估计，或进行Label free、iTRAQ等蛋白定量实验。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

结果列表中给出的蛋白都是符合鉴定标准的，可以根据得分、分子质量和等电点等信息挑选可信蛋白。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

可利用Venny软件进行分析，网站地址http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

质谱和凝胶电泳的原理不同，可能会出现鉴定结果存在差异的情况。此时，综合分子质量、肽段覆盖率和等电点等信息选择Mascot得分高的蛋白相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

首先，在蛋白质质谱鉴定过程中，Mascot会根据候选肽段的数目和得分来确定一个鉴定阈值，如果肽段和谱图匹配的离子得分低于鉴定阈值就会被过滤掉，只有离子得分大于阈值的肽段会被视为可信肽段；其次，还可以设置某蛋白的特有肽段个数，如设置A蛋白的特有肽段数为2，那么当蛋白A至少含有2个特有肽段时就认

蛋白质全谱分析可以尽可能多的鉴定样品中包含的蛋白质，对其进行定性定量鉴定、功能注释个代谢通过分析等，为高通量蛋白质组学提供了有力工具。相关服务:蛋白质质谱鉴定

SDS-PAGE-LC-MS/MS与HPLC-LC-MS/MS全谱分析主要是在分离技术上存在区别。SDS-PAGE适用于分离一些分子质量在10KDa-100KDa的蛋白质，而对于这范围之外的蛋白以及低丰度蛋白、疏水性蛋白、较强酸碱性的蛋白存在一定的分离困难；高效液相色谱技术在一定程度上弥补了

根据待分析的蛋白质的特性来选择全谱分析的类型。若待分析蛋白分子量过大（大于100KDa）或太小（小于10KDa）、疏水性和酸碱性较强时，建议选择灵敏度和分离效能较高的HPLC-LC-MS/MS，其他的蛋白则可以采用SDS-PAGE-LC-MS/MS进行全谱分析。相关服务:蛋白质质谱鉴定

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