蛋白分析FAQ汇总

• • 为什么有些差异表达基因在蛋白层面没有相应的差异蛋白？

  这是很正常的现象，并不是由技术问题导致的，差异表达基因及转录层次，蛋白质即翻译层次，转录层次和翻译层次的相关性只有0.5左右，这种不一致性可能是由miRNA、lincRNA、circle RNA和E3 ligase等导致的。相关服务:差异表达蛋白质统计分析

• • iTRAQ实验对样本有何要求？

  对样本的类型没有特殊要求，来自不同物种的任何形态(液态、固态、粉末)的蛋白质样本都可以进行iTRAQ标记定量实验。一次质谱上机大约需要200ug蛋白，由于需要进行蛋白定量检测和预实验，因此每组样本需提供的蛋白量大概在500ug左右。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， S

• • 不同物种来源或不同类型的样本做iTRAQ能否一次上机？

  不能，因为不同物种或不同类型样本的蛋白数据库不同，如果混合上机检测的话，就无法选择数据库分析质谱下机数据，数据会相互干扰，导致蛋白定性定量数据不准确。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 用不同的数据库检索同一iTRAQ下机数据时，各组间的比值为何不同？

  由于使用不同数据库检索时肽段的匹配情况可能不同，不同标记物之间的比值可能也不同，导致定量的结果存在些许差异，但是总体的变化趋势应是一致的。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 为什么同一个编号检索出来多个蛋白质？

  因为来源于同一蛋白家族的蛋白质具有较高的同源性，这些同源性很高的蛋白质之间存在保守性较高的序列，当被酶切后可能会产生序列相同的肽段，软件识别到这些相同的肽段后，会将其归于得分最高的那种蛋白质，而其他同源蛋白则不计分，因此这些同源蛋白都采用同一编号。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 可以做蛋白定性分析的样本有哪些？

  各种动植物组织/体液/细胞、微生物样本、蛋白溶液、SDS-PAGE胶条、2DE-PAGE胶点、Pull-down下拉蛋白、IP蛋白样品、WB目标条带等符合送样要求的样本均可进行蛋白质定性鉴定。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 一次蛋白全谱分析能鉴定多少个蛋白质？

  蛋白全谱分析可鉴定的蛋白质数量与物种、样本中蛋白质含量及复杂程度、蛋白组分分离程度、数据库的完整度都有很大的关系。一般情况下，一次全谱分析可以鉴定3000-5000种蛋白；胶条样品可以鉴定几种到几百种蛋白质。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 双向凝胶电泳与质谱联用鉴定蛋白大致过程有哪些？

  首先对凝胶图谱进行差异扫描分析，找到差异蛋白点并切下，然后对蛋白胶点进行脱色、溶解、蛋白提取、酶解消化和质谱检测，再对质谱下机数据进行搜库分析，对差异蛋白进行定性定量鉴定。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 目前可进行蛋白全谱分析的物种有哪些？

  理论上所有的物种均可进行蛋白全谱分析。蛋白全谱分析需要对应物种的蛋白质数据库作为支持，对于已进行全基因组测序的物种来说，进行蛋白全谱分析不是难题，对于缺乏基因组数据库的物种来说，可以用近缘物种或者所在科属的数据库作为支持。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 有9个样品，如何做iTRAQ？

  在一次实验中，iTRAQ可以同时标记4至8个样品，当样品数量超过8时不能在一次实验中用试剂盒同时标记，此时可以进行生物学重复来完成9个样品的标记，不建议用两种试剂盒分别标记。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC