蛋白分析FAQ汇总

• • 为什么质谱鉴定不到IP目标蛋白？

  1、可能IP实验本身存在假阳性；2、目标蛋白的丰度太低未达到质谱检测的标准；3、样品中存在高丰度污染蛋白，其质谱信号覆盖了目标蛋白的信号。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 蛋白质组学全谱分析和定量分析分别能鉴定多少蛋白？

  全谱分析和定量分析都能鉴定到大量的蛋白质，他们能鉴定到的具体蛋白数量与样品的复杂程度也有一定关系，通常情况下，全谱分析可以鉴定3000个蛋白左右，定量分析可鉴定的蛋白在6000个左右。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 如何验证组学数据？验证结果与组学结果不一致怎么办？

  可以通过WB、ELISA、IHC、qPCR等实验对组学结果进行验证，如果验证结果与组学结果不一致可以再试试其他的验证方法，当多种验证结果都与组学结果存在出入时，可以考虑组学结果是否存在假阳性，是否需要重新筛选差异靶点。相关服务:蛋白质组学

• • 做胶点/胶条质谱鉴定需要多少蛋白？

  一般考染后肉眼清晰可见的胶条/胶点都可以用于质谱鉴定。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 2D-GE采用银染染色的方法会对后续的质谱鉴定产生影响吗？

  银染的样品有可能与后续的质谱分析不兼容，我们推荐您使用下面的产品或者实验步骤进行银染实验：ProteoSilver Plus, Sigma (Product # PROTSIL1 or PROTSIL2)、Dodeca Silver Stain, BioRad (Product # 161-

• • 怎么确定胶条鉴定结果中的蛋白含量？

  胶条鉴定主要是对胶条中的蛋白质进行定性鉴定，如果想要知道这些蛋白质的含量，可以根据蛋白的谱图数量进行粗略的估计，或进行Label free、iTRAQ等蛋白定量实验。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 如何挑选胶条鉴定结果中的可信蛋白？

  结果列表中给出的蛋白都是符合鉴定标准的，可以根据得分、分子质量和等电点等信息挑选可信蛋白。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 如何比较不同的胶条样品中的共有蛋白和特有蛋白？

  可利用Venny软件进行分析，网站地址http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 当胶点质谱鉴定结果与双向凝胶电泳图谱结果相差较大时，如何判断胶点质谱鉴定的蛋白质中哪个蛋白可信度最高？

  质谱和凝胶电泳的原理不同，可能会出现鉴定结果存在差异的情况。此时，综合分子质量、肽段覆盖率和等电点等信息选择Mascot得分高的蛋白相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 如何保证蛋白的质谱鉴定质量？

  首先，在蛋白质质谱鉴定过程中，Mascot会根据候选肽段的数目和得分来确定一个鉴定阈值，如果肽段和谱图匹配的离子得分低于鉴定阈值就会被过滤掉，只有离子得分大于阈值的肽段会被视为可信肽段；其次，还可以设置某蛋白的特有肽段个数，如设置A蛋白的特有肽段数为2，那么当蛋白A至少含有2个特有肽段时就认