蛋白分析FAQ汇总

• • 可以采用什么软件分析iTRAQ的下机原始数据？

  一般采用与AB 5600 Triple TOF质谱配套的proteinpilot 5.0v软件进行后续的质谱数据分析，proteinpilot 5.0v在蛋白质组定性定量鉴定中被广泛认可，已有大量学者利用该软件分析数据并发表了相关文献。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT，

• • 如何根据iTRAQ的下机原始数据如何筛选差异蛋白？

  目前还没有统一的标准来筛选差异蛋白，为了有利于后续的生信分析，实际筛选中一般将每组的差异蛋白总数控制在200左右，或者在所鉴定的蛋白总数的10%左右。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 物种没有做全基因组测序能否做蛋白质组学实验？

  可以，对没有全基因组测序的物种进行蛋白质组学分析可以借助其近缘物种或者所在属/科的基因组数据库进行检索；此外，如果有该物种的转录组数据，也可以利用转录组数据建立蛋白质谱鉴定数据库进行后续检索。相关服务:蛋白质组学

• • 为什么itraq实验中没有检测到通过elisa、WB检测到的蛋白？

  这是一种正常的现象，因为ELISA和WB是利用抗原抗体特异性识别的原理来检测蛋白的，具有一定的靶向性，即只要样品中存在与所选抗体配对的目标蛋白，该目标蛋白就能被检测到；而iTRAQ的检测原理与前两者不同，iTRAQ可以尽可能多的检测样品中的蛋白，当样品中的总蛋白超过一定量的时候，一些丰度较低

• • iTRAQ/TMT/Label free定量蛋白质组学实验用的是什么质谱仪？

  iTRAQ、TMT和Label free都是基于液相色谱串联质谱的实验技术，常用的质谱平台有Thermo Fisher的Q ExactiveHF、Orbitrap Fusion质谱和Orbitrap Fusion Lumos等。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SIL

• • iTRAQ/TMT/Label free其定量是基于几级质谱实现的？

  iTRAQ和TMT同位素标记定量技术根据二级质谱的报告基团离子峰强度进行定量，而Label free非标定量根据一级质谱离子峰强度进行定量。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 如何从凝胶中切出蛋白质条带？

  从凝胶中切出蛋白质条带时应格外小心！首先，采取一切预防措施避免凝胶与裸手或任何潜在的脏表面直接接触，例如灯箱、刀片或用过的容器。您可能需要戴上干净的手套，将凝胶放在干净的塑料薄膜（例如 Sara Wrap）上，然后将其放在灯箱上，使用干净的刀片和凝胶容器。请记住，即使是一小块人体皮肤也可能含

• • Nano LC-MS在蛋白质翻译后修饰方面的优势是什么？

  研究蛋白质翻译后修饰，例如磷酸化、糖基化、甲基化、乙酰化、泛素化以及 N 端和 C 端加工，通常是在分子水平上了解蛋白质功能、调控和相互作用的重要步骤。蛋白质翻译后修饰的表征也是药物发现过程中非常重要的一部分，因为几乎每个药物靶点都在体内进行了翻译后修饰，而翻译后修饰是主要药物靶点类别的主要

• • 用于质谱分析的凝胶切片中最少需要多少蛋白质？

  由于我们使用 Nano-LC-MS 技术进行蛋白质鉴定，因此我们很有可能可以识别出非常微弱的考马斯染色条带。我们不能保证 100% 成功，因为微弱的条带实际上可能是错觉，而不是真正的蛋白质条带。但是，我们确实为所有考马斯染色的样品提供质量保证（如果鉴定失败，则免费），即使是视觉错觉也是如此。

• • 你们接受放射性样品吗？

  感谢您对我们的服务感兴趣！不幸的是，我们不接受放射性样品。相关服务:蛋白分析