蛋白分析FAQ汇总

• • 样品寄送过程，哪些需要低温？哪些需要干冰？哪些常温就可以？

  需要提取蛋白或提取好的蛋白样品如细胞、组织、蛋白溶液、菌体等都需要干冰低温运输，而处于凝胶中的蛋白如SDS-PAGE胶条和2D胶点等或者是酶解好的肽段可直接常温运输。相关服务:样品制备

• • 蛋白质组学分析哪些样品需要去除高丰度蛋白？

  血清、血浆、体液和细胞培养液等样品通常都含有高丰度蛋白，如常见的免疫蛋白，因此进行质谱鉴定前需要去除样品中的高丰度蛋白。相关服务:蛋白质组学

• • 蛋白质组结果可以做哪些生物信息学分析？

  蛋白质组学数据可以做的生物信息分析主要用差异蛋白的统计分析(维恩图、热图、火山图等)、蛋白质功能注释和富集分析(GO富集、COG富集)、蛋白质代谢通路富集分析(KEGG)、差异表达蛋白聚类分析(层次聚类分析、K-means聚类分析)、差异蛋白互作网络构建、转录因子预测等。相关服务:蛋白质组学

• • 质谱分析中的技术重复和上机重复有什么区别？

  二者含义非常类似，都是指质谱上机重复的次数。做技术重复或上机重复是为了测试质谱仪器的稳定性，以减小实验误差。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 发表的文章一般要求几次重复呢？

  一般发表文章会要求三次实验重复，可重复性越强的实验数据科学性和说服力越强，就越不容易被审稿人质疑，发表文章也就越顺利。相关服务:蛋白质组学

• • 为什么有些差异表达基因在蛋白层面没有相应的差异蛋白？

  这是很正常的现象，并不是由技术问题导致的，差异表达基因及转录层次，蛋白质即翻译层次，转录层次和翻译层次的相关性只有0.5左右，这种不一致性可能是由miRNA、lincRNA、circle RNA和E3 ligase等导致的。相关服务:差异表达蛋白质统计分析

• • iTRAQ实验对样本有何要求？

  对样本的类型没有特殊要求，来自不同物种的任何形态(液态、固态、粉末)的蛋白质样本都可以进行iTRAQ标记定量实验。一次质谱上机大约需要200ug蛋白，由于需要进行蛋白定量检测和预实验，因此每组样本需提供的蛋白量大概在500ug左右。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， S

• • 不同物种来源或不同类型的样本做iTRAQ能否一次上机？

  不能，因为不同物种或不同类型样本的蛋白数据库不同，如果混合上机检测的话，就无法选择数据库分析质谱下机数据，数据会相互干扰，导致蛋白定性定量数据不准确。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 用不同的数据库检索同一iTRAQ下机数据时，各组间的比值为何不同？

  由于使用不同数据库检索时肽段的匹配情况可能不同，不同标记物之间的比值可能也不同，导致定量的结果存在些许差异，但是总体的变化趋势应是一致的。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 为什么同一个编号检索出来多个蛋白质？

  因为来源于同一蛋白家族的蛋白质具有较高的同源性，这些同源性很高的蛋白质之间存在保守性较高的序列，当被酶切后可能会产生序列相同的肽段，软件识别到这些相同的肽段后，会将其归于得分最高的那种蛋白质，而其他同源蛋白则不计分，因此这些同源蛋白都采用同一编号。相关服务:蛋白质质谱鉴定