蛋白分析FAQ汇总

• • 什么时候进行母离子对筛选的参数设定？

  在样品进入质谱仪之前就需要设定并调试好母离子的筛选条件。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 如何设定母离子对？

  先通过谱图库筛选到得到母子离子对，设定参数，进行质谱鉴定，若出现的谱图显示捕捉到目的肽段，那就可以适用，若不行，重新设定，这样不断的反复验证筛选获得最适的母子离子对相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • MRM定量有哪些优势？

  通量高（能实现大规模样本的定量分析）、特异性强（无非特异性交叉反应）、定向性好（可去除背景噪音定向研究目的蛋白）。相关服务:MRM/PRM定量蛋白组学分析

• • 双向凝胶电泳联合质谱鉴定蛋白质的大致步骤有哪些？

  1、首先电泳谱图进行扫描找到差异点；2、然后将靶点进行脱色、酶解、色谱分离、质谱检测，得到质谱原始数据文件，3、最后通过数据库搜索可以得到差异点中的蛋白质的详细信息。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 磷酸化蛋白质组富集策略有哪些？

  抗体沉淀法、亲和富集法、色谱分离富集法（IMAC富集法、金属氧化物和金属氢氧化物富集方法、阴阳离子交换富集法以及亲水性相互作用色谱法）等。相关服务:磷酸化定量蛋白组学研究

• • 如何选择磷酸化蛋白质组富集策略？

  磷酸化的位点主要有丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸，如果实验目的只关注酪氨酸磷酸化的变化时，建议选择酪氨酸磷酸化抗体进行富集，如果实验关注的是非酪氨酸，或者是所有可以发生磷酸化的氨基酸，建议选择IMAC或TiO2富集。相关服务:磷酸化定量蛋白组学研究

• • DDA和DIA数据采集方式的不同点是什么？

  DDA(Data Dependent Acquisition)数据依赖采集模式只采集一级质谱中强度最高的6个肽段离子峰进行耳机质谱碎裂和检测，导致一些丰度较低的肽段例子没有被采集到；DIA(Data Independent Acquisition)数据非依赖采集模式会采集所设置的最低强度值以

• • 哪些蛋白样品可以进行测序？

  所有类型的蛋白样品都可以进行测序，基于质谱的从头测序方法不依赖于可能引入偏差或错误氨基酸的现有数据库 。相关服务:蛋白测序

• • 影响SWATH采集数据好坏的关键因素有哪些？

  SWATH是一种基于非数据依赖型的质谱定量技术，需要对质谱扫描质量范围内的所有窗口进行碎裂和数据扫描采集分析，因此其对扫描速度和质谱仪的分辨率要求较高。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务

• • 进行SWATH数据处理时如何建立离子数据库？

  1、利用信息依赖采集法(IDA)通过采集样品数据建立离子数据库，经ProteinPilotTM软件或其它的搜素引擎鉴定到的蛋白即为SWATH数据处理时的离子数据库；2、借助生物信息学方法对来自于外部数据库的二级质谱数据进行靶向蛋白分析，同时创建离子数据库。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务