蛋白分析FAQ汇总

• • 标记定量方法最多可以做多少样本？

  基于体外同位素标签的定量技术TMT一次最多标记并检测12个样本，iTRAQ试剂盒一次最多可标记16个样本。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 蛋白质组学质谱下机分析如何选择数据库？

  在Uniprot网站选择该蛋白来源物种的蛋白数据库作为搜库文件，如果该物种没有蛋白数据库或基因组测序数据，则可以选择近源物种蛋白质数据库或库扩大物种层级，选择所在属/科的物种库。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 什么是GO注释？

  GO（Gene Ontology）是基因本体联合会（Gene Ontology Consortium）所建立的数据库，旨在建立一个适用于对各种物种的基因和蛋白功能进行限定和描述并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。GO数据库总共有三大类，分别是生物学过程（Biological Proce

• • 为什么进行GO和KEGG注释之前要先进行序列比对？

  1、BLAST序列比对可以检索到与目标蛋白同源的蛋白质，根据相似蛋白可能具有相似功能的原理，可以将同源蛋白的功能信息转嫁到目标蛋白身上有助于我们完成对目标蛋白尤其是研究程度不足的目标蛋白的注释；2、可以帮助客户大致了解所鉴定的蛋白尤其是未表征蛋白、预测蛋白和推定蛋白等可能的名称和功能。相关服

• • 为什么要进行GO注释？

  1、首先，GO注释可以得到蛋白的功能、亚细胞定位以及可能参与的生物学过程等信息；2、可以在GO分析的结果中查询与某个感兴趣通路的相关蛋白进行后续研究；3、如果对质谱分析结果没有深入分析的头绪，可以进行GO注释，筛选关键蛋白进行后续研究。相关服务:GO功能注释及富集分析

• • GO和GOslim有什么区别？

  GOslim是经过科学家人工筛选的一部分GO term，可以说是GO子集的简化版、浓缩版。GOslim去除了一些比较细枝末节的GO term，着重于研究级别更高、与物种更为相关的GO term。相关服务:GO功能注释及富集分析

• • 为什么有些蛋白没有GO注释信息？

  蛋白质的种类众多，目前对蛋白质的功能研究尤其是一些非模式生物的蛋白质功能研究还有限，蛋白质数据库还不够完善，所以存在少数蛋白检索不到与其相似的同源蛋白。相关服务:GO功能注释及富集分析

• • 为什么GO Level 2的统计饼图里蛋白总数和差异蛋白数目不相同？

  因为同一个蛋白可能具有多种生物学功能，参与多个生物学过程，甚至存在于多个细胞之中，所以不止被统计一次，因此会存在统计饼图的蛋白总数与差异蛋白数目不一致的情况。相关服务:GO功能注释及富集分析

• • 什么是差异蛋白的功能富集分析？

  差异蛋白功能富集分析就是从差异蛋白的功能中富集一个功能特性，其以差异蛋白的功能条目为单位，可解释整个差异蛋白列表中蛋白的整体功能富集特征。相关服务:GO功能注释及富集分析

• • 糖蛋白质组学可以进行哪些研究？

  糖蛋白质组学的研究内容主要包括糖基化蛋白的鉴定、糖基化水平和位点的鉴定糖链的结构解析以及糖基化对蛋白的功能影响等。相关服务:糖组学分析服务