蛋白分析FAQ汇总

• • 如何判断差异蛋白？

  差异蛋白通常需要借助差异倍数和P值两个参数来确定，一般当两种蛋白的差异倍数达到1.3-2倍且统计检验的P值小于0.05时即视为差异蛋白。相关服务:差异表达蛋白质统计分析

• • Label-free定量的原理？

  Lable free非标记定量通过质谱检测到的肽段离子峰强度以及质谱的分析次数来进行定量，肽段离子的丰度与其被质谱检测到的次数成正比，通过两者关系的数学公式将质谱计数与肽段含量联系起来而对肽段进行定量。相关服务:基于LABEL FREE的定量蛋白组分析

• • Label-free定量技术的优劣是什么？

  Label free的优势在于不需要标签标记，操作简便，价格便宜，且不受样本数量限制。但缺点也随之而来，那就是Label free的定量准确性不如标记定量好，对质谱仪器的性能要求和实验操作的稳定性和重复性较高。相关服务:基于LABEL FREE的定量蛋白组分析

• • Label-free为什么不受样本数量限制？

  主要是因为Lable free不使用同位素标签标记样品，样本内不含同位素标签，样本内的蛋白被酶解后依次进行色谱分离和质谱鉴定，根据质谱下机数据如肽段离子峰进行定量。因此Lable free不受样本类型和数量限制。相关服务:基于LABEL FREE的定量蛋白组分析

• • 为什么Label-free定量的准确性较低？

  因为Label-free非标定量根据一级质谱数据进行定量，由于样本过于复杂，肽段产生的相近的m/z太多，无法有效进行区分，所以导致离子峰面积提取异常和定量不准。相关服务:基于LABEL FREE的定量蛋白组分析

• • HPLC分级的作用是什么？

  HPLC分级可以降低样本中蛋白的复杂程度而提高每个组分中某种蛋白的丰度，有利于后续的质谱分析。相关服务:蛋白质纯度分析（分子筛/反相色谱）

• • HPLC是否组分越多越好？

  并不是，组分越多即分级越多时，会降低组分中蛋白的丰度，不利于质谱鉴定，而分级数太少又达不到降低蛋白复杂程度的要求。相关服务:蛋白质纯度分析（分子筛/反相色谱）

• • SWATH技术的原理是什么？

  SWATH作为一种DIA技术，将整个质谱扫描质量范围分为若干小窗口，依次对每个窗口的所有离子进行碎裂，使其能够对扫描区间内的所有肽段离子进行高速一级MS扫描再进行二级MS/MS分析，以获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息，然后基于提取Transition峰面积计算出肽段含量，通过肽段含量推理

• • SWATH技术有什么优势？

  1、SWATH定量对样品中的所有分子无差别地进行分析，并一次性将所有肽段的MS、MS/MS数据进行储存，以保证不遗漏任何可能重要的数据，极大的提高了定量分析的可信度，并能够高效测定复杂样品中丰度极低的蛋白分子；2、SWATH无偏差分析所有分子，不需要提前对检测方法进行优化，只需要在已获得检测

• • SWATH定量技术有缺点吗？

  SWATH技术定量准确、重复性好且动态范围广，只是其通量不如iTRAQ高，但是仍然能鉴定2500-3000个左右的蛋白。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务