蛋白分析FAQ汇总

• • 串联质谱鉴定和质谱测序有什么不同之处？

  串联质谱鉴定通常将质谱数据在数据库进行检索以获得结果；而质谱测序需要计算质谱图中相邻离子峰的分子量差异来确定氨基酸序列。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 蛋白质鉴定服务——应该选择 MALDI TOF/TOF 还是 LC-MS/MS？

  如果条带是考马斯染色，则使用：质谱法（通过 MS/MS 测序）鉴定蛋白质并选择具有自动数据库分析的 MALDI-TOF/TOF (PMF+MS/MS) 质谱。这是最快、最具成本效益的方法，也是考马斯染色凝胶和 2D 凝胶斑点的最佳选择。 如果条带为银染或可能包含一种以上的蛋白质，请使用：质谱

• • 蛋白质鉴定服务——知道要搜索哪个基因组数据库重要吗？

  蛋白质鉴定是通过将​​肽片段模式与公共数据库中的序列相匹配来实现的。这对于人类、小鼠、水稻、拟南芥、水果等来说是理想的。如果样品来自与已知基因组高度相似的生物体，则可以获得良好的结果。相关服务:蛋白分析

• • 翻译后修饰——蛋白质中绘制磷酸化位点有什么关注点？

  有两个主要关注点： 覆盖率：质谱技术能否提供高序列覆盖率？覆盖率越高，检测和鉴定含有修饰基团的肽的统计机会就越大。 修饰位点的占有率：蛋白质被修饰的百分比是多少？如果它很低，那么检测到修饰肽的机会就会降低。如果占有率很高（>30%），那么这有利于鉴定修饰位点。相关服务:磷酸化定量蛋白组学研究

• • 翻译后修饰——如何增加定位磷酸化或甲基化位点的覆盖率？

  首先，请注意，由于其独特的序列，每种蛋白质都有不同的潜力以高序列覆盖率被定位。 所有蛋白质的覆盖率通过以下方式增加：a) 从更大量的蛋白质开始（需要大于 5 μg 的蛋白质）进行质谱分析；b) 确保蛋白质是纯的；c) 使用多种质谱仪器/技术进行分析将增加覆盖率；d) 使用 TiO2 柱富集磷

• • 翻译后修饰——糖基化位点会抑制样品蛋白的鉴定吗？

  如果蛋白质的纯度和浓度很高，那么在大多数情况下，基于质谱的蛋白质鉴定仍然是有利的。 然而，连接的碳水化合物（CHO）链会通过以下机制削弱基于质谱的特定肽段的鉴定：a) CHO 链可以阻断胰蛋白酶切割；b) 连接的 CHO 链的可变质量会降低糖肽检测；c) 可选项：在凝胶上样和质谱分析之前，用

• • 翻译后修饰——想对蛋白质中潜在的磷酸化位点进行初步分析。最低成本的服务是什么？有什么限制？有什么建议？

  最低成本的初步分析是一种使用 MALDI-TOF/TOF 对凝胶中的纯蛋白质或高纯度样品进行分析的方法。限制：如果蛋白质非常大、不纯或产量低（小于500 ng），蛋白质的覆盖率会很低。建议：对于初步的低成本分析，只提供高质量的样品（凝胶上的单个条带，在 1 μg 范围内）。相关服务:磷酸化定

• • 如何选择离子源？

  根据样本的性质选择离子源，小分子量的极性较小的化合物可以考虑APCI，分子量较大并带有一定极性的化合物可以选择ESI。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 气质和液质有什么区别？

  气质即气相色谱-质谱联用（GC-MS),液质即气相色谱-质谱联用(LC-MS),二者在分离手段、真空系统和电离方式方面都不同：气质采用气相色谱分离，液质液相色谱分离；气质的真空系统比较简单，而液质的相对复杂；气质的电离方式主要有电子电离和化学电离，液质的电离方式主要有电喷雾电离、大气压化学电

• • 电喷雾电离(ESI)和大气压化学电离(APCI)有什么区别？

  1、电离方式不同：APCI利用电晕放电气相离子化；ESI利用离子蒸发液相离子化。2、适合分析的化合物不同：APCI适合弱极性，小分子化合物，且具有一定的挥发性；ESI 极性化合物和生物大分子。3、二者流速不同：ESI一般流速较小，APCI 相对较大。4、产生的电荷数不同：APCI不能生成一系