蛋白分析FAQ汇总

• • 如何选择磷酸化蛋白质组富集策略？

  磷酸化的位点主要有丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸，如果实验目的只关注酪氨酸磷酸化的变化时，建议选择酪氨酸磷酸化抗体进行富集，如果实验关注的是非酪氨酸，或者是所有可以发生磷酸化的氨基酸，建议选择IMAC或TiO2富集。相关服务:磷酸化定量蛋白组学研究

• • DDA和DIA数据采集方式的不同点是什么？

  DDA(Data Dependent Acquisition)数据依赖采集模式只采集一级质谱中强度最高的6个肽段离子峰进行耳机质谱碎裂和检测，导致一些丰度较低的肽段例子没有被采集到；DIA(Data Independent Acquisition)数据非依赖采集模式会采集所设置的最低强度值以

• • 哪些蛋白样品可以进行测序？

  所有类型的蛋白样品都可以进行测序，基于质谱的从头测序方法不依赖于可能引入偏差或错误氨基酸的现有数据库 。相关服务:蛋白测序

• • 影响SWATH采集数据好坏的关键因素有哪些？

  SWATH是一种基于非数据依赖型的质谱定量技术，需要对质谱扫描质量范围内的所有窗口进行碎裂和数据扫描采集分析，因此其对扫描速度和质谱仪的分辨率要求较高。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务

• • 进行SWATH数据处理时如何建立离子数据库？

  1、利用信息依赖采集法(IDA)通过采集样品数据建立离子数据库，经ProteinPilotTM软件或其它的搜素引擎鉴定到的蛋白即为SWATH数据处理时的离子数据库；2、借助生物信息学方法对来自于外部数据库的二级质谱数据进行靶向蛋白分析，同时创建离子数据库。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务

• • 通过SWATH方法采集数据时怎样进行保留时间校正？

  1、在样品中增加多肽标准品以构建数据库和采集SWATH数据；2、利用样品中存在的某些已知的中等/高丰度的多肽作为参考物对保留时间进行校正。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务

• • 为什么要研究膜蛋白质组？

  因为膜蛋白是一类数量庞大的蛋白质，占到人体总蛋白的30%，他们参与了生物膜上发生的许多重要的生物学过程；此外，膜蛋白在药物研发以及疾病治疗中具有重要意义，目前注释到的药物靶点中有将近一半以上都是膜蛋白。相关服务:膜蛋白鉴定服务

• • 如何提取膜蛋白？

  可以利用超速离心法、密度梯度离心法、试剂盒、抗体免疫磁珠和生物素等方法进行膜蛋白提取。相关服务:膜蛋白鉴定服务

• • 胶条样本如何送样检测？

  将载有蛋白样本的凝胶常温寄送，需保证蛋白条带清晰可见。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 做蛋白组学选择血清还是血浆样本呢？

  血清和血浆都可以用于蛋白组学的研究，血清是离体血液自然凝固后离心收集的上清液，血浆是离体血液加入抗凝剂后离心收集的上清液，与血清相比，血浆中含有纤维蛋白原，也可以说血清是不含纤维蛋白原的血浆。所以选择血浆还是血清要根据具体的实验目的。相关服务:蛋白质组学