蛋白分析FAQ汇总
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SWATH是一种基于非数据依赖型的质谱定量技术,需要对质谱扫描质量范围内的所有窗口进行碎裂和数据扫描采集分析,因此其对扫描速度和质谱仪的分辨率要求较高。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务
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1、利用信息依赖采集法(IDA)通过采集样品数据建立离子数据库,经ProteinPilotTM软件或其它的搜素引擎鉴定到的蛋白即为SWATH数据处理时的离子数据库;2、借助生物信息学方法对来自于外部数据库的二级质谱数据进行靶向蛋白分析,同时创建离子数据库。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务
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1、在样品中增加多肽标准品以构建数据库和采集SWATH数据;2、利用样品中存在的某些已知的中等/高丰度的多肽作为参考物对保留时间进行校正。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务
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因为膜蛋白是一类数量庞大的蛋白质,占到人体总蛋白的30%,他们参与了生物膜上发生的许多重要的生物学过程;此外,膜蛋白在药物研发以及疾病治疗中具有重要意义,目前注释到的药物靶点中有将近一半以上都是膜蛋白。相关服务:膜蛋白鉴定服务
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可以利用超速离心法、密度梯度离心法、试剂盒、抗体免疫磁珠和生物素等方法进行膜蛋白提取。相关服务:膜蛋白鉴定服务
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将载有蛋白样本的凝胶常温寄送,需保证蛋白条带清晰可见。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定
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血清和血浆都可以用于蛋白组学的研究,血清是离体血液自然凝固后离心收集的上清液,血浆是离体血液加入抗凝剂后离心收集的上清液,与血清相比,血浆中含有纤维蛋白原,也可以说血清是不含纤维蛋白原的血浆。所以选择血浆还是血清要根据具体的实验目的。相关服务:蛋白质组学
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基于体外同位素标签的定量技术TMT一次最多标记并检测12个样本,iTRAQ试剂盒一次最多可标记16个样本。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ,TMT, SILAC
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在Uniprot网站选择该蛋白来源物种的蛋白数据库作为搜库文件,如果该物种没有蛋白数据库或基因组测序数据,则可以选择近源物种蛋白质数据库或库扩大物种层级,选择所在属/科的物种库。相关服务:蛋白质质谱鉴定
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GO(Gene Ontology)是基因本体联合会(Gene Ontology Consortium)所建立的数据库,旨在建立一个适用于对各种物种的基因和蛋白功能进行限定和描述并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。GO数据库总共有三大类,分别是生物学过程(Biological Proce
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