蛋白分析FAQ汇总

• • 从DIA采集的数据中，怎么针对性的选出相关蛋白和通路？

  主要是基于检测到的所有蛋白通过Fold change、P值等统计学指标筛选差异蛋白，再针对差异蛋白进行诸如GO、KEGG、PPI的功能分析。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • 如何对跑胶的蛋白样品进行浓缩？

  可以利用膜层析或TCA沉淀等方法进行浓缩，此外，还可以将蛋白样品固定在装有反向颗粒的微柱上进行洗脱，并利用SDS缓冲液进行洗脱后再上样。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 做蛋白胶条质谱鉴定对凝胶的类型有要求吗？

  在蛋白胶条质谱鉴定中还没出现由不同厚度、不同比例或梯度浓度的凝胶导致的显著影响，多数类型的凝胶如Tris-Glycine、Tris-Acetate、 Novax NuPAGE Bis-Tris等都与质谱兼容。相关服务:蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质鉴定

• • 做蛋白胶条质谱鉴定可以用哪些染色方法?

  考马斯亮蓝、铜染、锌染和银染都可以，但是要注意传统的银染方法含有感光剂与质谱不相容，因此若要使用银染染色，推荐使用ProteoSilver Plus, Sigma (Product # PROTSIL1 or PROTSIL2)或Dodeca Silver Stain, BioRad (Pr

• • 切割蛋白质胶带应注意什么？

  1、一定要避免污染，切胶时戴上干净的手套，避免任何可能被污染的物体直接接触到表面，使用干净的刀片和容器；2、切的条带不宜过大和过小，尽可能在条带边缘进行切割，太小的条带意味着样本的损失，过大的条带可能会引入污染蛋白；3、切取的蛋白条带及时转移到干净的EP管中，密封保存，防止凝胶变干。相关服务

• • 选择标记定量或非标记定量的依据是什么？

  标记定量适合分析背景较相似的样本间的蛋白组差异，且定量数据较准确，若样本数量小于等于8可以选择iTRAQ，若样本数量在8-16之间，可以选择TMT。非标定量对样本数和样本背景是否相似没有特别的限制，相比标记定量，价格也更便宜。相关服务:定量蛋白组分析

• • DIA定量和比传统的Lable free有何优势?

  传统的Lable free耗时久、重复性差、数据结果可信度不高；DIA定量是新一代非标记定量技术，采用数据非依赖模式进行数据采集，在相同时间采集到更丰富的信息，压缩周期的同时大福度提高样本间平行比较的重复性，数据结果可信度极高。相关服务:DIA定量蛋白质组学

• • iTRAQ一般进行几次重复？

  至少要进行两次重复，否则数据说服力不强，发文章时可能会被质疑。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 只通过蛋白定量iTRAQ技术找到的差异蛋白，可否直接认定为生物标志物？

  从结果的科学性上来说，建议一种实验所得到的结果再用其他方法进行验证一下，推荐使用WB/MRM/PRM技术进行验证。相关服务:基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC

• • 知道蛋白的氨基酸序列，可否用MRM技术代替WB对其进行定性定量？

  有目标蛋白的序列信息，可以用MRM替代WB技术进行目标蛋白的精确定性定量分析。相关服务:MRM/PRM定量蛋白组学分析