多组学分析FAQ汇总

• • 请问荔枝果皮送转录组，取多少g才足够呢？

  转录组测序所需样本量，主要取决于样本本身的RNA含量和提取效率。对于植物组织（如荔枝果皮），通常建议：每个样本准备0.5–1 g新鲜组织；若样本含水量高或RNA含量低，可适当增加至1–2 g；若送样为已粉碎的液氮研磨粉末，0.5 g左右一般已足够，但前提是研磨均匀、无降解。建议尽量即时液氮速

• • 转录组测序结果回来要如何分析?

  在转录组测序（RNA-Seq）结果回来后，分析的步骤通常包括以下几个主要环节，每个环节都有其特定的处理方法和软件工具：   一、数据质量控制 1、FastQC分析：使用FastQC等工具对原始数据进行质量控制，评估测序数据的质量，例如碱基质量得分、GC含量、序列长度分布等。 2、数据剪切：使

• • 蛋白组和转录组联合分析之后，发现两者共同上调的基因只有3个，共同下调的基因一个都没有，这是什么原因呢?

  在蛋白质组学和转录组学的联合分析中，发现只有3个基因共同上调而没有共同下调的现象，可能由多个因素造成：   一、转录与翻译的调控差异 1、转录水平与翻译水平的差异 转录组分析mRNA水平，而蛋白质组分析蛋白质水平，二者不总是一致。mRNA的稳定性、翻译效率和蛋白质的降解速率都可能影响最终结果

• • 如果普通转录组测序送样质检后部分样品不合格可以重新补送这几个样本吗？和之前合格的还能算成一批分析吗？

  普通转录组测序中若部分样品质检不合格，完全可以单独补送这些样品，补送的样本在技术流程和数据分析上仍可与之前合格样本合并分析，但需注意以下几点以保证数据质量一致性：

• • 请问粪便样本直接加入离心管吗？运输需要加其他液体吗？

  粪便样本的采集与运输方式需严格依据后续实验类型确定。微生物组研究推荐使用专用保存液以稳定微生物DNA；代谢组学则必须避免任何保存液，采用速冻方式保留代谢物原貌；而转录组分析需加入RNA保护液或快速冷冻以防止RNA降解。运输过程中应确保低温链完整、样本封装规范以保障下游实验数据的准确性与可重复

• • 分析益生菌代谢产物对抗病原菌的作用，代谢物中有胞外多糖、蛋白质、有机酸等，是采用代谢组学还是蛋白质组学或者其他方法来进行分析？

  在分析益生菌代谢产物对抗病原菌的作用时，由于代谢物种类多样，包括胞外多糖、蛋白质、有机酸等，应综合运用代谢组学、糖组学和蛋白质组学。代谢组学适用于小分子代谢物的检测；糖组学专门研究胞外多糖等大分子；蛋白质组学则分析抗菌蛋白及其他功能性蛋白。因此，采用多组学综合分析是获得全面结果的最佳策略。

• • 请问无参转录组有没有确定的基因信息包含外显子位置，能用来设计引物的那种文件呀？

  无参转录组（De novo Transcriptome Assembly）由于没有参考基因组，因此无法直接提供基因的外显子位置信息。然而，基因信息的可用性取决于后续的分析步骤。以下是几种可能包含用于引物设计信息的文件：

• • 冻干后的样品可以提RNA吗?

  冻干后的样品是可以提取RNA的，但在提取过程中需要注意一些问题。冻干（lyophilization）过程通常会去除样品中的水分，这可能会对细胞结构和RNA的完整性造成一定影响。因此，提取RNA时需要特别小心，确保RNA的质量不受损。

• • 请问我送测的转录组学在ncbi上选择的第一个参考基因组，拉丁名是一样的，但是比对率只有60%，这样可以用吗？还是建议选择无参？

  在转录组学分析中，选择合适的参考基因组对结果的可靠性和生物学意义至关重要。如果比对率只有60%，这说明可能存在以下问题：

• • 细菌初始浓度是多少开始加药孵育收集转录组样本，转录组的初始细菌浓度和抑菌实验的初始细菌浓度是一致的吗?

  在细菌学研究中，转录组实验和抑菌实验的初始细菌浓度有一定的区别，具体取决于实验的目的和研究重点。