多组学分析FAQ汇总

• • 请问发酵液放-20℃一段时间还能送扩增子吗？

  是否还能用于扩增子测序，需根据以下几个核心因素判断：一、发酵液保存状态与冻存时间 -20℃保存通常无法完全抑制微生物酶活性，尤其在反复冻融或保存超过数周后，DNA可能出现降解；若只是短期保存（<1周）且冻存过程迅速、无反复冻融，仍有较大概率可以进行后续提取与扩增；若保存时间较长（>2周）或样

• • 请问酿酒酵母有多个18s整合位点吗？

  是的。酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的 18S rRNA 基因位于染色体 XII 上的 rDNA 串联重复簇（nucleolar rDNA array）中。该区域是单一的染色体区域，但由约 100–200 个重复单元组成；每个重复单元都包含 35S 前体 rRN

• • 如果做发育树，只测its，还是its和18s一起测呢？

  构建系统发育树时，是否选择仅测 ITS 区域，还是同时测 ITS 和 18S rRNA，需要根据以下几个关键因素综合判断：一、研究对象的系统分类层级 1、种内或近缘种间关系解析（intraspecies 或 closely related species）ITS 区域（特别是 ITS1 和

• • 转录组学样品提取的步骤是什么呢？

  转录组学样品提取的核心在于高质量总RNA的提取与质量控制，整个流程必须避免RNA降解，并尽可能保留原始转录本表达信息。以下是标准化的步骤：一、样品准备 样本类型：可为细胞、组织、新鲜或冻存样本，推荐立即使用液氮速冻并保存于−80°C或RNA保护液中。注意事项：全程避免RNase污染，使用DE

• • 请问荔枝果皮送转录组，取多少g才足够呢？

  转录组测序所需样本量，主要取决于样本本身的RNA含量和提取效率。对于植物组织（如荔枝果皮），通常建议：每个样本准备0.5–1 g新鲜组织；若样本含水量高或RNA含量低，可适当增加至1–2 g；若送样为已粉碎的液氮研磨粉末，0.5 g左右一般已足够，但前提是研磨均匀、无降解。建议尽量即时液氮速

• • 转录组测序结果回来要如何分析?

  在转录组测序（RNA-Seq）结果回来后，分析的步骤通常包括以下几个主要环节，每个环节都有其特定的处理方法和软件工具：   一、数据质量控制 1、FastQC分析：使用FastQC等工具对原始数据进行质量控制，评估测序数据的质量，例如碱基质量得分、GC含量、序列长度分布等。 2、数据剪切：使

• • 蛋白组和转录组联合分析之后，发现两者共同上调的基因只有3个，共同下调的基因一个都没有，这是什么原因呢?

  在蛋白质组学和转录组学的联合分析中，发现只有3个基因共同上调而没有共同下调的现象，可能由多个因素造成：   一、转录与翻译的调控差异 1、转录水平与翻译水平的差异 转录组分析mRNA水平，而蛋白质组分析蛋白质水平，二者不总是一致。mRNA的稳定性、翻译效率和蛋白质的降解速率都可能影响最终结果

• • 如果普通转录组测序送样质检后部分样品不合格可以重新补送这几个样本吗？和之前合格的还能算成一批分析吗？

  普通转录组测序中若部分样品质检不合格，完全可以单独补送这些样品，补送的样本在技术流程和数据分析上仍可与之前合格样本合并分析，但需注意以下几点以保证数据质量一致性：

• • 请问粪便样本直接加入离心管吗？运输需要加其他液体吗？

  粪便样本的采集与运输方式需严格依据后续实验类型确定。微生物组研究推荐使用专用保存液以稳定微生物DNA；代谢组学则必须避免任何保存液，采用速冻方式保留代谢物原貌；而转录组分析需加入RNA保护液或快速冷冻以防止RNA降解。运输过程中应确保低温链完整、样本封装规范以保障下游实验数据的准确性与可重复

• • 分析益生菌代谢产物对抗病原菌的作用，代谢物中有胞外多糖、蛋白质、有机酸等，是采用代谢组学还是蛋白质组学或者其他方法来进行分析？

  在分析益生菌代谢产物对抗病原菌的作用时，由于代谢物种类多样，包括胞外多糖、蛋白质、有机酸等，应综合运用代谢组学、糖组学和蛋白质组学。代谢组学适用于小分子代谢物的检测；糖组学专门研究胞外多糖等大分子；蛋白质组学则分析抗菌蛋白及其他功能性蛋白。因此，采用多组学综合分析是获得全面结果的最佳策略。