多组学分析FAQ汇总

• • 细菌初始浓度是多少开始加药孵育收集转录组样本，转录组的初始细菌浓度和抑菌实验的初始细菌浓度是一致的吗?

  在细菌学研究中，转录组实验和抑菌实验的初始细菌浓度有一定的区别，具体取决于实验的目的和研究重点。

• • 在没有确定通路的情况下，无参转录组数据怎么筛选差异基因呢？

  在未确定特定通路的情况下，通过无参转录组数据筛选差异基因需要遵循以下步骤和策略，以确保分析结果具有生物学意义和可信度。

• • 没有内参基因可以直接做RNA-seq的qpcr验证吗?

  虽然传统上使用内参基因进行qPCR归一化是验证RNA-seq数据的标准方法，但在特定情况下，没有内参基因也可以通过替代方法进行qPCR验证。然而，这需要慎重设计实验，严格控制实验条件，并充分考虑数据分析和解释中的潜在变量。

• • 请问非蛋白可以用maldi tof测分子量吗？

  非蛋白分子是可以通过MALDI-TOF质谱（基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱，Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry）进行分子量分析的。MALDI-TOF不仅用于蛋白质分析，也广

• • 请问分析链球菌对大环内酯类抗生素的耐药机制可以做哪些多组学整合分析项目啊？怎么从多组学分析中选择组合对其进行整合分析呢？

  要分析链球菌对大环内酯类抗生素的耐药机制，可以通过以下多组学整合分析项目来解析耐药性背后的分子机制。选取合适的多组学组合，可以从各层面构建耐药性机制的完整图景。

• • 在真核无参转录组测序中，无参做引物设计可以用ORF预测出的序列文件吗？

  在真核无参转录组测序中，ORF预测序列可为引物设计提供初步指导，但通常需进一步验证。建议结合转录组组装工具（如Trinity、SPAdes）完善转录本背景信息，并通过数据库比对（如NR、Swiss-Prot）验证ORF的准确性，以确保引物特异性和扩增效果。此外，如果有特定目标基因的功能区域或

• • 转录组测序一定能测出差异基因吗?

  转录组测序（RNA-seq）是一种强大的工具，能够测量基因在特定条件下的表达变化，从而有可能检测到差异基因。然而，转录组测序不一定总能测出差异基因，其主要依赖于样品处理、测序深度、数据分析及统计方法等多种因素。

• • 请问如何有效整合基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多组学数据？

  整合基因组（genomics）、转录组（transcriptomics）、蛋白质组（proteomics）和代谢组（metabolomics）等多组学数据是现代系统生物学的重要研究内容之一。整合这些多维度数据可以提供更全面的生物学视角，揭示复杂的生物过程和疾病机制。以下是一个系统化的整合思路

• • 请问药物作用细胞后做转录组测序，药物大概作用多久比较合适？对样品有什么要求呢？

  在进行药物作用后的转录组测序时，药物作用时间的选择和样品处理至关重要。药物作用时间通常分为短期（1-6小时）、中期（12-24小时）和长期（24小时以上），具体选择取决于药物机制和研究目标。样品要求包括确保细胞状态一致性、迅速处理样品以防RNA降解、使用适当方法提取RNA并进行质量控制（如O

• • 蛋白质DNA互作研究，选ChIP还是CUT&Tag?

  在蛋白质-DNA互作研究中，选择ChIP还是CUT&Tag取决于实验需求。ChIP适合大规模和传统研究，提供广泛的基因组数据，但需要较多起始材料和时间，且背景信号可能较高。CUT&Tag则对样品需求低、灵敏度高且背景噪声低，适合提供精确的位置信息，特别是在样品量有限的情况下。根据具体研究目标