如果普通转录组测序送样质检后部分样品不合格可以重新补送这几个样本吗？和之前合格的还能算成一批分析吗？

普通转录组测序中若部分样品质检不合格，完全可以单独补送这些样品，补送的样本在技术流程和数据分析上仍可与之前合格样本合并分析，但需注意以下几点以保证数据质量一致性：

 

一、实验层面建议

1、补送样本的RNA提取与纯化流程

（1）务必保持与首次送样一致的提取方法与试剂（如TRIzol、柱法等）以避免样本间批次差异。

（2）RNA完整性（RIN值）和纯度指标（A260/280、A260/230）仍需达到建库标准。

2、建库与测序安排

（1）推荐将补送样本与初次合格样本使用相同文库构建试剂盒和测序平台（如Illumina PE150）；

（2）如时间间隔不长，平台一般可以安排使用同一批次试剂建库并同机上机以降低batch effect。

 

二、数据分析层面建议

1、合并分析的可行性

（1）只要测序平台和策略一致可以作为一批次进行联合分析（如DESeq2、edgeR分析差异表达）；

（2）补送样本的FastQ文件可直接纳入与原样本一起统一比对、定量与标准化处理。

 

2、如存在不可避免的建库或上机批次差异，应在分析中引入batch effect 校正策略，例如：

（1）使用ComBat（sva包）、removeBatchEffect（limma包）；

（2）或在差异分析模型中显式加入“batch”因子。

 

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