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Shotgun蛋白组学中，液相色谱-质谱（LC-MS/MS）获取的大量MS/MS谱图仅是原始数据。如何从中精确识别蛋白质、实现准确定量，并进行深入的功能注释与通路挖掘，完全依赖于科学严谨的数据分析流程。为此，研究人员需借助一系列专业的生物信息学工具与软件平台，覆盖从数据库搜索、定量分析、差异
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Shotgun蛋白组学实验中，质谱仪获取的仅是肽段碎片的m/z信号，这些数据本身无法直接告诉我们样本中有哪些蛋白质。真正实现蛋白鉴定的关键步骤是Shotgun蛋白组数据库搜索，即通过算法将质谱谱图与理论肽段进行比对，从而反推出原始蛋白组成。然而，数据库匹配并非“绝对正确”，由于谱图复杂性、测
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免疫肽组（Immunopeptidomics）是指从MHC（主要组织相容性复合体）分子上解析出的肽段组成的集合，揭示了细胞如何将内源性或外源性蛋白片段呈递给免疫系统。该领域正快速发展，成为癌症新抗原发现、T细胞免疫治疗设计和个体化疫苗研发的关键技术支撑。 然而，免疫肽组学的研究仍面临两大挑战
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在癌症免疫治疗时代，新抗原（Neoantigen）的发现被认为是个体化癌症疫苗设计和T细胞免疫治疗的关键突破口。新抗原通常来源于肿瘤细胞中的非同义突变，其产物可以通过抗原加工通路被呈递至细胞表面的MHC分子，进而被T细胞识别。然而，新抗原的识别并不简单。由于每个患者的HLA背景、突变谱以及抗
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在精准医学时代，如何理解免疫系统“看到”什么，反应“怎么触发”，已成为免疫治疗和疫苗设计中的核心科学问题。免疫肽组学（immunopeptidomics），正是解码这一问题的关键工具。它通过质谱技术直接捕获并鉴定呈递于HLA分子上的肽段，从而勾勒出一幅“免疫识别图谱”。近年来，伴随大数据分析
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免疫肽组学（Immunopeptidomics）是近年来发展迅猛的前沿技术，聚焦于鉴定并解析主要组织相容性复合体（MHC）呈递的抗原肽段。这一技术在肿瘤免疫治疗、疫苗研发、自身免疫疾病研究中展现出巨大潜力。 一、什么是免疫肽组学？为何重要？ 免疫肽组学是利用高分辨质谱技术分析MHC分子呈递
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随着免疫治疗在癌症治疗中的广泛应用，个性化肿瘤疫苗、TCR-T和CAR-T等策略成为研究热点。然而，疗效的差异性和个体化应答的复杂性也逐渐暴露出精准免疫策略的短板。在此背景下，HLA肽组（Immunopeptidome）分析应运而生，它作为链接抗原加工与T细胞识别的关键一环，正在成为肿瘤免疫
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随着生命科学研究向更精细化和大规模系统层面推进，定量蛋白质组学成为解析生物系统动态变化的关键工具。尤其是在肿瘤异质性研究、药物作用机制探索、疾病标志物筛选等方向，基于质谱的定量方法展现出极大的应用潜力。其中，TMT（Tandem Mass Tag）标记技术因其高通量、低批间差、定量准确性高等
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自身免疫疾病（Autoimmune Diseases, AIDs）是一类由免疫系统对自体组织产生异常攻击的疾病，常见类型包括系统性红斑狼疮（SLE）、类风湿性关节炎（RA）、1型糖尿病（T1D）等。尽管免疫调控的异常机制已被广泛研究，但免疫识别的起点——抗原呈递肽段（即免疫肽组，Immuno
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肿瘤新抗原（neoantigen）是癌细胞发生基因突变后产生的、只在肿瘤细胞上表达的独特肽段，具备高度特异性和免疫原性，是癌症个体化免疫治疗的核心靶点。如何精准、高通量地筛选真实呈递的新抗原，成为肿瘤疫苗、TCR-T细胞疗法等开发的关键挑战。新抗原预测方法依赖体细胞突变 + MHC结合预测算
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