二代测序文库的接头一般都有几个不同功能序列组成?
二代测序(也称为下一代测序,Next-Generation Sequencing,简称NGS)文库的接头设计对于有效测序至关重要。一般来说,接头中包含了几个功能性的序列,这些功能性序列用于与测序仪器、核酸扩增和分子标识等交互。
以下是常见的功能性序列组成:
1.引物结合位点:
这部分序列是为了之后在测序反应中能与测序引物或PCR引物结合。这使得文库中的片段可以被扩增或直接进行测序。
2.多样性序列:
有些文库制备协议在接头中包含一个或几个随机核苷酸,以增加接头的多样性。这有助于优化测序平台上的聚类形成。
3.文库标识或Barcode(也称为Index):
这是一串短序列,使得不同样本可以在同一次测序中进行混合测序,而后可以基于这些标识序列进行分离。这种策略称为多重索引或多样本测序。
4.平台特异序列:
一些测序平台可能需要特定的接头序列以确保与该平台的化学反应和读取方式兼容。
5.“P5”和“P7”结合区域:
针对某些测序平台(如Illumina平台),这些序列是用于固定文库片段到流式芯片或纳米孔上的。
6.熔解温度控制序列:
可以控制整个接头的熔解温度,以确保PCR等反应的效率和特异性。
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