想做蛋白质相互作用网络图,在STRING数据库里找不到蓝莓这个物种,请问有其他方式做网络互作图吗?
STRING数据库是一个常用的蛋白质-蛋白质互作(PPI)数据库,但它只包含了一部分已知的生物物种。 如果你的目标物种(如蓝莓)不在STRING中,你可以尝试以下方法来绘制蛋白质相互作用网络图:
1.基于同源性的预测:
如果某些与蓝莓相近的物种在STRING或其他数据库中有已知的蛋白质相互作用信息,你可以使用这些信息来预测蓝莓中的蛋白质相互作用。这种方法基于一个假设:相近的物种中具有同源蛋白质的相互作用可能也在蓝莓中存在。
2.使用其他的数据库:
除了STRING,还有其他的蛋白质相互作用数据库,如BioGRID、IntAct和MINT等。你可以查询这些数据库,看是否有蓝莓的数据。
3.文献挖掘:
你可以检查关于蓝莓蛋白质相互作用的文献,手动从中提取信息并构建网络。
4.实验验证:
如果你有实验室资源,可以考虑使用酵母双杂交、共沉淀、质谱等方法,对蓝莓的蛋白质进行实验,获得相互作用数据。
5.使用计算预测方法:
一些软件如PSIQUIC、Cytoscape可以帮助你预测蛋白质之间的相互作用。
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