交联法蛋白相互作用分析有没有具体的实验方法？怎么选择交联剂？

一、交联法蛋白相互作用分析的大致步骤主要包括交联反应、蛋白质分离和检测。以体外交联实验为例：

1. 交联反应：

首先将待分析的蛋白质溶液与交联剂混合，使其在适当的条件下进行交联反应。交联剂可以是化学交联剂或光敏交联剂。化学交联剂常用的有二氧化硅（DSS）、二氧化硫（Sulfo-EGS）等，光交联剂常用的有二氧化硅（DSP）、二氧化硫（Sulfo-EGS）等。选择交联剂时需要考虑其交联效率、稳定性和对蛋白质结构的影响。

2. 蛋白质分离：

交联反应后，添加反应终止剂（例如甘氨酸）来停止交联剂的活性，避免继续交联，并用适当的方法从样品中提取交联的蛋白质复合物，然后利用SDS-PAGE或其他方法将蛋白质复合物进行分离。

3. 检测：

分离后的蛋白质可以通过Western blot、质谱等方法进行检测。Western blot是一种常用的蛋白质检测方法，通过将蛋白质转移到膜上，然后使用特异性抗体进行检测。质谱是一种高通量、高灵敏度和高准确性的方法，可以对互作蛋白进行定性和定量鉴定。

二、关于交联剂的选择

1.交联效率：

交联剂应具有较高的交联效率，能够有效地将蛋白质交联在一起。

2. 稳定性：

交联剂应具有较好的稳定性，能够在交联反应过程中保持其活性。

3.对蛋白质结构的影响：

交联剂应对蛋白质结构的影响较小，避免对蛋白质的功能和结构造成不可逆的影响。

常用的交联剂及适用性如下：

1.二巯基丙二酸（DTBP）:

是一种较为温和的交联剂，交联作用是可逆的，交联后的蛋白质复合物可以在一定条件下解离，DTBP可在较小的交联距离（通常在几纳米到十几纳米之间）内连接蛋白质，适用于固定近距离的相互作用。

2.二(氢氧化)亚胺（DSS）：

DSS 是最常用的化学交联剂之一。它是一种带有两个氨基和两个亚硫酸基的化合物。DSS 适用于水溶性蛋白质，并且能够在较温和的条件下进行交联。适用于稳定较远距离的蛋白质相互作用。

3.芳香族二酮（例如：Benzophenone）：

这些化合物在紫外线照射下会产生高度反应性的激发态，从而进行光敏交联。光敏交联剂在一些情况下比化学交联剂更具选择性和灵敏度，因为可以通过精确控制照射位置来实现交联。

4.苯并芘酮（例如：Pyrroloquinoline quinone，PQQ）：

PQQ 是另一种常用的光敏交联剂，与芳香族二酮类似，可以在紫外线照射下形成高度反应性的激发态。

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