代谢物按照vip p值筛选的是有二级质谱信息的吗，没有鉴定出来要先剔除吗。二级做的不好，只比对上几十种，可不可以先筛选再鉴定

在代谢组学的分析过程中，确实通常需要进行一些筛选来确定最重要或最相关的代谢物。在一些情况下，VIP (Variable Importance in Projection)值和p值常被用来作为筛选的一依据。通常，VIP值用于在PLS-DA (Partial Least Squares Discriminant Analysis)模型中确定最重要的变量，而p值则用于确定变量的统计学显著性。

然而，VIP值和p值是针对所有已测定的代谢物的，无论它们是否有二级质谱信息。这就意味着，如果某些代谢物在初步的质谱分析中没有被鉴定出来，它们仍然可能会在这个步骤中被考虑和计算。

关于你的问题，是否要在筛选之前剔除没有被鉴定出来的代谢物，这其实取决于你的研究目标和你使用的数据分析策略。一般来说，如果你的目标是寻找特定的、已知的代谢物与研究的现象或条件的相关性，那么可能会选择剔除那些没有被鉴定出来的代谢物。然而，如果你的目标是探索性的，或者你希望找出可能的新的或未知的代谢物，那么你可能会选择保留这些没有被鉴定的代谢物，以便在后续的分析中对它们进行进一步的探索和研究。

对于你说的二级质谱做得不好，只比对出几十种，这其实是一个常见的问题。二级质谱的鉴定困难，成功率低，因为需要和已知的数据库进行比对，而这些数据库可能并不全面，或者说测量条件、仪器等因素可能造成误差，使得比对结果不理想。你提出的“先不鉴定，先按照vip p值筛选，筛选完了再鉴定”这种方法是可行的，可以通过这种方式先筛选出重要的代谢物，然后再进行深入的鉴定。这也是代谢组学研究中常见的做法。

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