关于蛋白质组如何计算表达水平?
在蛋白质组学研究中，衡量蛋白质表达水平的常用方法是基于质谱数据的相对或绝对定量。常见的定量方法包括标记法和非标记法：
1.标记法定量：
使用同位素标签技术对蛋白质或肽段进行标记。常见的标签法有如同位素标记（如SILAC， ICAT， TMT， iTRAQ等）。通过比较不同样品中同位素标签信号的强度，可以计算蛋白质表达水平的相对变化。这里的log2-fold change（log2FC）类似于RNA-seq数据中的logCPM。正负log2FC值表示蛋白质在实验组相对于对照组的上调或下调。
2.非标记法定量：
无需对蛋白质或肽段进行标记，直接比较质谱信号强度。常见的非标记定量方法有基于肽段的标准谱计数（Spectrum Counting， SC）和基于峰强度（如MaxQuant软件中的LFQ强度）的定量。在这些方法中，蛋白质的相对丰度可以通过计算不同条件下的肽段谱计数比值或峰强度比值来估算。与标签法类似，可以使用log2FC来表示蛋白质表达水平的变化。
3.绝对定量：
通过将目标蛋白质的信号强度与已知浓度的内标蛋白质进行比较，可以计算目标蛋白质的绝对表达水平。常见的绝对定量方法有MRM（MultiReaction Monitoring）或PRM（Parallel Reaction Monitoring）。这些方法提供了更精确的蛋白质定量结果，但适用性有限，通常只用于研究某一特定蛋白质。
蛋白质组学中的log ratio（如log2FC）可以用于衡量蛋白质表达水平的变化，并可以用于表达量的排序。在进行蛋白质表达水平排序时，请注意，需要根据实验设计和质谱数据处理方法选择合适的指标。同时，要考虑统计学和生物学意义，确保蛋白质表达量的变化具有显著性和生物学相关性。
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