做质谱要怎么跑胶呢？

在进行质谱分析之前，样品通常需要经过凝胶电泳（跑胶）分离以去除杂质和富集目标蛋白，下面是一个关于如何跑胶以进行质谱分析的详细步骤指导。

 

一、选择合适的胶

1、胶浓度：常用10-12% SDS-PAGE分离大部分蛋白。

2、预制胶/自制胶：预制胶方便，自制胶可调整分离效果。

 

二、样品制备

1、裂解液：裂解液的选择取决于实验目的，互作蛋白建议避免 SDS，保持天然状态（非变性）；而蛋白质组学等复杂样品则通常需要含 SDS 或 Urea 的裂解液充分裂解蛋白。

2、蛋白定量：用BCA或Bradford 法确定浓度。

3、蛋白变性（视实验需求）：

（1）变性质谱：加 5×SDS loading buffer（含 DTT 或 β-ME），95℃ 5-10 min 变性。

（2）非变性质谱：不加 SDS 或 DTT，避免蛋白变性。

 

三、电泳

1、浓缩胶：80-100V，15-20 min，使样品集中。

2、分离胶：120-150V，跑至蛋白进入分离胶约1–1.5 cm，即可停止，避免蛋白丢失或低丰度蛋白难以检测。。

 

四、染色

1、考染（Coomassie Brilliant Blue, CBB）（常用）：适用于质谱，避免 SDS 干扰。

2、银染（Silver Staining）：提高灵敏度，但部分染料会影响质谱，需使用无固定剂（glutaraldehyde-free）银染法。

3、胶内消化（In-Gel Digestion）：如果目标蛋白较多，建议切胶后用胰蛋白酶（Trypsin）酶解。

 

五、质谱分析前处理

1、脱色：去除背景染料（50% 乙腈+25mM NH4HCO3）。

2、脱水：加入 100% 乙腈去除水分。

3、酶解：胰蛋白酶 37℃ 过夜消化，得到短肽段。

4、萃取肽段：50% 乙腈 + 0.1% 甲酸，多步收集后干燥，送质谱分析。

 

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