蛋白分析FAQ汇总

• • 有哪些胶内酶切后进行质谱定量方法的经典相关文献推荐？

  胶内酶切后进行质谱定量的方法在蛋白质组学研究中得到了广泛应用。以下是一些关于这个方法的经典和相关文献，以供参考：1. Shevchenko, A., Tomas, H., Havlis, J., Olsen, J. V., & Mann, M. (2006). In-gel digestio

• • 可以用蛋白质谱分析出PD-L1阳性和阴性外泌体上具体的蛋白质有什么不同吗？

  当然可以，蛋白质谱是一种用于定量和鉴定蛋白质表达水平的技术，它可以帮助我们分析特定细胞或生物样品中的蛋白质组。通过蛋白质谱分析，我们可以比较PD-L1阳性和阴性外泌体上的蛋白质差异和组成。首先，需要将PD-L1阳性和阴性的外泌体分离纯化，之后使用蛋白质组学方法（如质谱法）对其进行定量分析。通

• • 电泳跑胶显示了两条带，而蛋白质谱表明这两条带的肽段相同，如何确定具体发生了哪种翻译后修饰？

  根据描述，电泳跑胶显示了两条带，而蛋白质谱表明这两条带的肽段相同。这很可能意味着这两条蛋白质带之间存在某种翻译后修饰（PTM，Post-Translational Modification）。要确定具体发生了哪种翻译后修饰，需要进一步分析蛋白质谱数据。以下是一些建议的步骤：1. 检查质谱图：

• • 为什么在质谱结果中会出现大量角蛋白？

  在质谱结果中出现大量角蛋白（Keratins）可能是因为实验过程中发生了样品污染。角蛋白是一类丰富的结构蛋白，广泛存在于人体和动物体内的表皮、毛发、指甲等组织。由于角蛋白的丰度高和稳定性强，它们很容易在实验过程中污染样品，导致质谱结果中出现大量角蛋白。

• • 质谱结果中没有检测到预期的过表达蛋白，可能和哪些因素有关？

  如果质谱结果中没有检测到预期的过表达蛋白，可能与多种因素有关，包括样品处理、质谱分析和数据处理等方面的原因： 1.样品处理：蛋白质提取不充分：如果蛋白质提取方法不合适，可能导致目标蛋白质的损失或提取不足。

• • 如何用maxquant解析蛋白质谱？

  MaxQuant是一款广泛使用的蛋白质质谱数据分析软件，它可以处理自下而上策略（bottom-up）的蛋白质质谱数据，实现蛋白质鉴定和定量。以下是使用MaxQuant解析蛋白质质谱数据的基本步骤：

• • 什么是蛋白质谱？生物科技公司在做的蛋白质谱服务是什么？

  蛋白质质谱是一种研究蛋白质组成、结构和功能的关键技术。它利用质谱仪（mass spectrometer）对蛋白质或肽段进行检测和分析，以确定蛋白质的序列、翻译后修饰（post-translational modifications，PTMs）、亚单位组成以及与其他分子的相互作用。蛋白质质谱在

• • 蛋白质谱Top-down 和 bottom-up的分析方法本质上有什么不同？

  质谱技术是蛋白质组学（proteomics）研究中的关键技术。在蛋白质质谱领域，主要有两种分析策略：Top-down（自上而下）和Bottom-up（自下而上）。这两种方法在处理和分析蛋白质样品时有本质上的不同。

• • 如何分析MHC分子呈递肽的氨基酸序列?

  MHC（主要组织兼容性复合物）分子是一类在免疫系统中起关键作用的分子，能够呈递抗原肽片段，使得T细胞可以识别和清除感染或异物。要获取并分析这些呈递短肽的具体氨基酸序列，可以采用以下步骤：

• • 只比较肿瘤和正常组织的HLA结合肽能否确定候选新抗原?

  通过比较肿瘤和正常组织的HLA结合肽（人类白细胞抗原结合肽），可以一定程度上确定候选新抗原。然而，这种方法并非绝对可靠，因为仅依赖HLA结合肽差异可能会漏掉一些潜在的抗原。建议通过以下方法来进一步确定候选新抗原：