蛋白分析FAQ汇总

• • 想做多肽质谱鉴定但原料无对应数据库进行结果比对，现想做从头测序，这两种实验的区别是？在最后结果分析有不同还是在样品处理就不同？

  在多肽质谱鉴定中，数据库匹配和从头测序两种方法的主要区别在于数据分析阶段。 1.数据库匹配： 需要将得到的质谱数据与现有数据库中的序列进行匹配来识别样品中的多肽。这依赖于数据库中已有相应物种的蛋白数据。   2.从头测序： 直接通过质谱数据分析碎片离子模式来推断多肽的氨基酸序列，不依赖现有数

• • 测肽分子量分布都有什么方法？

  测定肽分子量分布的方法主要包括：   1.质谱法（Mass Spectrometry, MS）： 这是最常用的方法，可以精确测量肽的质量，并通过肽段的断裂模式确定其序列。质谱法种类繁多，如MALDI-TOF、ESI-MS等。   2.凝胶电泳（SDS-PAGE）： 虽主要用于蛋白质，但也可以

• • 我的蛋白质总是吸附在膜上有什么好的解决办法吗?

  蛋白质吸附在膜上是常见的问题，特别是在使用滤膜进行样品处理或蛋白质过滤时。这里有几种解决方法可供你参考：1. 使用阻断剂：在过滤前向样品中添加蛋白质阻断剂（如牛血清白蛋白BSA），这些阻断剂可以占据膜的潜在结合位点，防止目标蛋白质的吸附。2. 改变缓冲液条件：调整pH值和离子强度有助于减少蛋

• • 请问多肽质谱鉴定的结果是如何分析得到的？

  多肽质谱鉴定的结果分析包括以下几个关键步骤：1. 肽段识别：通过分析质谱图上的离子峰，特别是b系列和y系列的离子峰，推断出肽段的序列。b系列和y系列离子是在肽链的肽键断裂过程中形成的，分别代表从肽链的N-端和C-端开始的离子片段。通过比较这些离子峰的m/z值，确定肽段中氨基酸残基的顺序。2.

• • 2D Blue Native/SDS-PAGE复合物分析：求一个protocol

  2D Blue Native/SDS-PAGE 是一种用于分析蛋白复合物和其亚单位组成的技术。以下是该技术的基本实验流程：   1.样本准备： 提取蛋白样本，并使用适当的缓冲液（如含有一定浓度的Digitonin或者Triton X-100的缓冲液）稳定蛋白复合物。   2.第一维：Blue

• • 交联法蛋白相互作用分析具体步骤，要详细步骤

  交联法蛋白相互作用分析的具体步骤如下：   1.样本准备： 调整蛋白样品至适当浓度，一般为0.1至1 mg/mL，以保证交联效果。 如需分析多个蛋白之间的相互作用，将蛋白按比例混合。   2.选择交联剂： 选择适合的交联剂，如BS3或DSS，根据蛋白的特性和实验目的确定。 确定交联剂的

• • 如果论文里显示药物主要激活AMPK通路，是不是要做磷酸化蛋白质组学呢？

  若论文显示药物主要通过激活AMPK通路发挥作用，则进行磷酸化蛋白质组学分析是有必要的。这是因为AMPK通路涉及多种蛋白质的激活，这些激活通常通过磷酸化方式实现。磷酸化蛋白质组学能够帮助鉴定哪些蛋白在药物作用下被磷酸化，进而阐明药物的分子机制。

• • 药物作用前后蛋白变化，是要用哪种类型蛋白组学分析呀？

   药物作用前后蛋白变化的分析通常采用定量蛋白组学方法，主要包括以下两种：1.标记定量蛋白组学（如同位素标记的定量技术，包括iTRAQ和TMT）：这种方法通过化学标记样本中的蛋白质，然后通过质谱分析来定量。该方法可以精确地比较不同样本（例如药物处理前后的样本）中蛋白质的表达差异。2.无标记定量

• • 请教一下blue native page的protocol

  Blue Native PAGE (BN-PAGE) 的实验操作流程主要包括以下步骤：   1.样品准备： 使用温和的洗涤剂（如digitonin或n-dodecyl β-D-maltoside）在4°C条件下裂解细胞，以提取蛋白质复合物。   2.蛋白质提取： 通过离心去除细胞残留和碎片，

• • 今天做WB时，先煮了样，又加了loadingbuffer，就放冰箱了，等要用的时候再煮一下可以吗？

  可以。如果样品已经煮过一次，并存放在冰箱里，建议在使用前再次加热，以确保loading buffer中的SDS和DTT（或β-巯基乙醇）等组分能充分发挥作用，使蛋白质完全变性。在重新加热样品前，需确保样品完全解冻，并轻轻混匀，然后再进行加热，以避免样品中的成分分层或沉淀，影响实验结果。