蛋白分析FAQ汇总

• • 如何准备用于蛋白质鉴定的溶液样品？

  我们需要至少10μg蛋白质。请提供样品的缓冲液组成的详细信息。 注意：PEG，甘油和洗涤剂不适合进行质谱分析，必须在提交样品之前去除。我们可以尝试对较低体积/浓度样品的分析，但不能保证结果。可根据要求使用替代蛋白酶。相关服务:蛋白鉴定

• • 如何准备用于翻译后修饰分析的纯蛋白质/蛋白质复合物样品？

  我们要求至少20 μL样品，浓度为 20 μM。请提供样品的缓冲液组分的详细信息。在质谱分析之前需要脱盐，我们可以提供这项服务。相关服务:翻译后修饰蛋白组分析

• • TMT-SRM分析中可以包括多少蛋白质？

  TMT-SRM分析通常针对5-50个候选生物标记物进行。相关服务:基于TMT的蛋白质组学分析

• • 使用TMT-SRM分析可以分析哪些类型的样品？

  所有样本类型，包括细胞/组织裂解物、体液如脑脊液和血浆等，都可以进行TMT-SRM分析。相关服务:基于TMT的蛋白质组学分析

• • SWATH分析的离子库是如何生成的？其生成方式与Shotgun蛋白质组学或MRM相同吗？

  数据库实际上是由数据相关采集（DDA）生成的，也可以称为信息相关采集（IDA）。这种采集模式与鸟枪蛋白质组学相同，但与MRM模式不同。MRM模式用于分子或肽的靶向定量，在生成离子库时没有任何用处。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务

• • 为什么离子库不是用SWATH生成的？或者为什么数据库不是通过在MS和MS/MS级别对样本中的每个离子进行测序生成的？

  理想情况下应该是这样，因为理想情况下，仪器的速度足以在0.7Da的小窗口中扫描整个m/z范围，相当于MRM窗口，这也是可以用四极杆隔离的最小窗口。扫描常规m/z范围内的蛋白质（从350到1250 m/z）大约代表1285个0.7Da的单独窗口，在这个窗口中，必须分离和片段化前体离子以记录其片

• • SWATH质谱产生的碎片离子如何对应到蛋白质？

  一旦完成数据采集后成，每个离子的MS和MS/MS信息将映射到理论数据库中，以识别样本中存在的肽和蛋白质。这个过程可以通过多种算法完成，包括Mascot、OMSSA、ProteinPilot等。相关服务:SWATH定量蛋白组学服务

• • SWATH采集通过顺序分析窗口来获取数据，通常这些数据是如何获取的？

  一般情况下，或在IDA模式下，数据是在扫描后获取的。扫描确定40种最强烈的离子，并且只对这些离子进行碎片处理。这意味着在一个固定的时间点上，只有被碎片化的离子才是被选中的最强烈的离子。在一个SWATH周期内，所有窗口都是按顺序获取的。例如：假设我们要覆盖350-1250 m/z的离子范围。窗

• • 质谱数据用于描述样品中蛋白质丰度的单位是什么？

  MS数据像其他光谱和色谱数据一样，通常通过将峰面积（以任意单位）与定量标准品的峰面积进行比较来量化。因此，Y轴只是信号的强度，通常不显示其直接实验读数单位。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 在制备LC-MS/MS样品过程中，使用还原剂会使氧化蛋氨酸还原吗？

  蛋氨酸氧化与半胱氨酸氧化不同，在没有专用酶或催化剂的作用下是不可逆的。TCEP和DTT都不能减少蛋氨酸氧化情况。相关服务:蛋白质质谱鉴定