蛋白分析FAQ汇总

• • 可以使用蛋白质脱盐柱净化肽样品吗？

  不可以。蛋白质脱盐柱（例如 Zeba 脱盐柱）使用尺寸排阻，并且具有对于肽样品而言通常过高的分子量截止值。肽脱盐使用反相色谱树脂（例如 C18 树脂）结合肽，以在洗涤过程中去除盐分。相关服务:多肽组学

• • 从样品中去除洗涤剂以进行质谱分析的最佳方法是什么？

  使用丙酮沉淀、透析等较容易在蛋白质水平上去除洗涤剂。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 什么样的缓冲液和溶液与肽净化和 LC-MS 兼容？

  大多数有机溶剂或挥发性缓冲液与 LC-MS 兼容。水和含 0.1% 甲酸的乙腈是质谱分析中分离肽样品最常用的溶剂系统。三氟乙酸 (TFA) 是一种用于离线肽 C18 净化或 LC-UV 分析的替代离子配对剂。相关服务:多肽质谱鉴定

• • 如果已经在蛋白质水平上去除了小的污染物和洗涤剂，还需要在质谱分析之前对肽进行脱盐吗？

  需要。我们建议在蛋白质消化后进行额外的净化，以去除任何残留的盐或部分消化的蛋白质。相关服务:蛋白质质谱鉴定

• • 使用 C18 或脱盐柱净化肽样品丢失了大部分肽，是什么地方出了错？

  在中性 pH 或存在有机溶剂（例如乙腈）的情况下，肽不能很好地与反相树脂结合。在脱盐之前，使用甲酸或三氟乙酸 (TFA) 将蛋白质消化样品酸化至 pH <3。通过将样品干燥，确保样品在清洁前后不含有机溶剂。相关服务:多肽组学

• • 蛋白质消化后，样品中仍然存在洗涤剂，有什么可以做的吗？

  采用 HIPPR（高蛋白和肽回收）形式使用Pierce Detergent Removal Resin或HiPPR Detergent Removal Spin Columns，可以从肽样品中去除一些洗涤剂。然而，在蛋白质消化之前，使用丙酮沉淀、透析等方法在蛋白质水平上去除洗涤剂更容易。相关

• • 相对定量和绝对定量有什么区别？哪种类型的定量用于蛋白质组样品？

  相对定量是比较不同样品中分析物的含量。绝对定量是用已知标准在不同浓度下测量样品中分析物的实际含量。Label-free、SILAC 和 TMT（串联质量标签）工作流程被用于蛋白质样品的相对定量。重（即 AQUA）肽被用作靶蛋白绝对定量的标准。相关服务:组学分析

• • HPLC——当没有峰值或出现小峰值或负峰值时该怎么办？

  首先应该检查的是检测器灯是否亮着。 检测器和积分器之间的松散或断线也可能是问题的根源。确保泵已打开或流向色谱柱而不是流向废液。 样品瓶可能装有错误的样品或样品可能已经变质。当样品溶剂和流动相的组成差异很大或流动相可能比样品组分对设定的 UV 波长更具吸收性时，就会出现负峰。相关服务:蛋白质纯

• • HPLC——保留时间变化的原因是什么？

  可变的保留时间通常是由于1.泄漏或流动相组成的变化（流动相的微小变化会导致保留时间的重大变化）引起的。 2.泵头中滞留的空气也可以完全随机的增加或减少保持时间。 3.柱温波动，特别是在离子交换色谱中，也会导致保留时间的变化。 4.当溶质质量超过色谱柱容量时，保留时间通常会减少，并且随着体积过

• • HPLC——基线漂移或噪声的原因是什么？

  当存在温度波动（微小的变化可能导致重要的基线漂移）时，通常会出现基线漂移，特别是对于折射率和电导检测器或高灵敏度的紫外检测器。流动相混合室工作不正常也会导致流动相不均匀，从而导致基线漂移。 检测器单元中的污染物或空气积聚也可能导致基线漂移/噪声。相关服务:蛋白质纯度分析（分子筛/反相色谱）