Edman测序的局限性

鉴定蛋白质的最准确方法是利用蛋白质测序方法，蛋白质测序的两种主要方法是Edman降解法和质谱法。Edman测序补充了质谱测序技术，并且在测序动物肽（无序列数据库可用）方面优于质谱测序。

Edman测序的关键是试剂苯基异硫氰酸酯（PITC），其被称为Edman试剂。蛋白质的N端在未封闭的情况下，在碱性pH下PITC容易与肽的N端α残基相互作用，从而产生苯硫代氨基甲酰氨基酸衍生物。在不破坏被测序的肽中其他残基的肽键的情况下，去除和鉴定标记的N端氨基酸可以准确确定N端序列。当蛋白质N端发生环化、封闭时，N端的α氨基被修饰（α氨基乙酰化、甲基化、焦谷氨酸化等修饰）使得N端缺乏自由的α氨基，导致PITC实际无法与蛋白质结合，最终使得Edman降解反应无法直接进行下去。因此，Edman测序存在着一定的局限性。

N末端经过化学修饰或遇到非α-氨基酸，则无法使用Edman降解法测序。对于N端封闭的情况，可以根据具体情况选择符合要求的样本（自然界中50%的天然蛋白质N端都经过了修饰，常见的修饰包括乙酰化、甲基化、焦谷氨酸化等）；若由于溶液中的去垢剂或化学物质与蛋白样品N端功能基团反应，或者分离提纯使用的溶剂的pH值过高导致的N端封闭，选择相应的酶去除蛋白N端的修饰，或者使用质谱鉴定的方法鉴定N端的修饰；若造成蛋白质N封闭的修饰是已知的，可以使用相对应的蛋白酶切除N端的修饰，接着可以使用Edman降解反应进行测序。

目前的Edman测序技术仅可对蛋白质N端的30-60分氨基酸残基序列进行测定，这限制了蛋白质全长序列的分析与测定，当然也可通过对蛋白样品进行预处理来来实现Edman测序法对蛋白质全长序列进行分析。首先使用蛋白酶将蛋白质酶切为多个短肽，再利用Edman测序法对依次对短肽序列进行测定，最后通过序列拼接即可实现蛋白质全长序列的测定。

Edman测序通常不能用于确定二硫键的位置，且通量较低，无法对多个蛋白质进行同时分析。可以结合质谱鉴定和Edman测序的优势，实现高通量的蛋白鉴定和精准序列测定。

百泰派克生物科技采用岛津公司Edman测序系统，为广大科研工作者和科研客户提供基于Edman降解的蛋白质N端测序服务。采用我们的测序系统，可以测定N端30个氨基酸的序列信息。采用特定的蛋白上样系统，可以测定N端的60-70个氨基酸。百泰派克生物科技也建立了以先进的LC-MS/MS技术进行N-端测序的平台，可以测出封闭和修饰的蛋白质末端，与基于Edman降解的蛋白质N端测序形成互补，保证N端测序服务的顺利进行。