Edman测序的局限性

    鉴定蛋白质的最准确方法是利用蛋白质测序方法,蛋白质测序的两种主要方法是Edman降解法和质谱法。Edman测序补充了质谱测序技术,并且在测序动物肽(无序列数据库可用)方面优于质谱测序。

     

    Edman测序的关键是试剂苯基异硫氰酸酯(PITC),其被称为Edman试剂。蛋白质的N端在未封闭的情况下,在碱性pH下PITC容易与肽的N端α残基相互作用,从而产生苯硫代氨基甲酰氨基酸衍生物。在不破坏被测序的肽中其他残基的肽键的情况下,去除和鉴定标记的N端氨基酸可以准确确定N端序列。当蛋白质N端发生环化、封闭时,N端的α氨基被修饰(α氨基乙酰化、甲基化、焦谷氨酸化等修饰)使得N端缺乏自由的α氨基,导致PITC实际无法与蛋白质结合,最终使得Edman降解反应无法直接进行下去。因此,Edman测序存在着一定的局限性。

     

    N末端经过化学修饰或遇到非α-氨基酸,则无法使用Edman降解法测序。对于N端封闭的情况,可以根据具体情况选择符合要求的样本(自然界中50%的天然蛋白质N端都经过了修饰,常见的修饰包括乙酰化、甲基化、焦谷氨酸化等);若由于溶液中的去垢剂或化学物质与蛋白样品N端功能基团反应,或者分离提纯使用的溶剂的pH值过高导致的N端封闭,选择相应的酶去除蛋白N端的修饰,或者使用质谱鉴定的方法鉴定N端的修饰;若造成蛋白质N封闭的修饰是已知的,可以使用相对应的蛋白酶切除N端的修饰,接着可以使用Edman降解反应进行测序。

     

    目前的Edman测序技术仅可对蛋白质N端的30-60分氨基酸残基序列进行测定,这限制了蛋白质全长序列的分析与测定,当然也可通过对蛋白样品进行预处理来来实现Edman测序法对蛋白质全长序列进行分析。首先使用蛋白酶将蛋白质酶切为多个短肽,再利用Edman测序法对依次对短肽序列进行测定,最后通过序列拼接即可实现蛋白质全长序列的测定。

     

    Edman测序通常不能用于确定二硫键的位置,且通量较低,无法对多个蛋白质进行同时分析。可以结合质谱鉴定和Edman测序的优势,实现高通量的蛋白鉴定和精准序列测定。

     

    百泰派克生物科技采用岛津公司Edman测序系统,为广大科研工作者和科研客户提供基于Edman降解的蛋白质N端测序服务。采用我们的测序系统,可以测定N端30个氨基酸的序列信息。采用特定的蛋白上样系统,可以测定N端的60-70个氨基酸。百泰派克生物科技也建立了以先进的LC-MS/MS技术进行N-端测序的平台,可以测出封闭和修饰的蛋白质末端,与基于Edman降解的蛋白质N端测序形成互补,保证N端测序服务的顺利进行。

     

    相关服务:

    蛋白质N/C端测序

     生物制药N/C端测序 

    蛋白全序列测定 

    蛋白从头测序 

    基于Top down自上而下法的蛋白质测序 

    基于质谱的序列分析 

    多肽测序 

    抗体测序

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