什么是蛋白质区（area）和iBAQ值？

随着反应时间的推移，将洗脱肽的强度累积相加可以对肽丰度进行定量测量。它通过比较样品之间肽的量来实现蛋白相对定量。由于肽的电离能力变化很大，因此无法在不同的肽之间进行比较。尽管如此，将属于一种蛋白质的几种肽的积分信号求和也可以比较不同样品之间的蛋白质含量--相对定量。蛋白质area值是通过将前三个肽的峰面积相加来计算的，是反映蛋白质丰度的半定量值。 另一种选择是iBAQ：iBAQ值等于每种蛋白质的所有胰蛋白酶肽的强度总和除以理论上可观察到的肽的数量。每个肽在MS中产生一个信号，测量其强度并计算曲线下面积。属于同一种蛋白质的所有肽区域根据某些标准进行汇总（包括或排除对于某种蛋白质异构体而言不是唯一的肽）。然后将这些蛋白质区域除以该蛋白质的理论肽数。这种量化称为 iBAQ（基于强度的绝对量化），iBAQ 值与蛋白质的摩尔量成正比。iBAQ 算法可以粗略估计每个样品中蛋白质的相对丰度。 这些是可用于根据蛋白质丰度对蛋白质进行排序的估计值：1E4 非常低，代表背景信号，噪声接近检测限，而1E10非常高，则反映了丰度最高的蛋白质。通常，使用的蛋白酶、抗体或角蛋白等污染物会出现在质谱运行中，其丰度可能大于所鉴定出的丰度最高的目标蛋白质。在一个良好的亲和纯化实验中，诱饵蛋白应该出现在前20种丰度最高的蛋白质中。



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