对于通过质谱法进行磷酸化分析，最终得到的是磷酸化的蛋白质还是实际的磷酸化残基?

通过质谱法对经过胰蛋白酶酶解消化后的蛋白质样品进行磷酸化分析，从而可在肽水平上获得序列信息和磷酸化状态。因此，我们至少可以将磷酸基团定位在几个残基内。如果肽序列上只有一个可磷酸化残基（即只有一个Ser，Thr或Tyr）或磷酸盐的数量等于可磷酸化残基的数量，则可以明确磷酸化的氨基酸位点。如果存在多个Ser，Thr或Tyr，我们会利用 MS/MS 谱图和A-Score的评分算法来为磷酸盐在肽上的定位提供统计置信度。

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