区分两个约 100 KD 的蛋白质所需的最小质量差是多少?

    分辨两个 100 kD 蛋白质的最大限制是同位素分布的宽度,其在 100 kD 处约为 50 个质量单位宽(Yergey, J., Heller, D., Hansen, G., Cotter, R. J., and Fenselau, C., Anal. Chem.1983, 55, 353-356)。因此,要检测两种约 100 kD 的蛋白质,它们之间的质量差应至少为 50 Da。这种质量差异可以用分辨率为 2000 的仪器检测到,例如,在 Keck 实验室的 Micromass Q-Tof API ,其分辨率约 为10000 。还要注意术语分辨率之间的细微差别;在 m/z 或道尔顿,分辨率是区分两个峰之间的最小间距;与分辨率相对的为m/Dm,其中Dm为最大峰高50%处的线宽。另一个需要考虑的因素是,为了检测最小的质量差异,两种蛋白质的浓度应该相似。另一个常见的挑战是这种大小的蛋白质可能不是同质的(例如,由于翻译后修饰的不同水平和类型,它们可能具有微异质性,或者它们可能含有钠或其他阳离子加合物)。这会导致更宽的峰和带有“尾”的峰,意味着需要更大的质量差来检测这两种组分。对于一个 100000 Da 均质蛋白质,Q-Tof API 的质量准确度约为 +0.02% 或更低(或约 +20 Da)。因此,如果有一个 100000 Da 蛋白质的溶液,其中一半的蛋白质分子有翻译后修饰,如果后者引入了大于约 50 Da 的质量差异,则后者可以被解析和测质量。然而,质量测量中的不确定性(每个组分测量中 +/-20 Da)会阻碍修饰的鉴定。


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