自上而下和自下而上蛋白质组学差异

    基于质谱的自上而下(Top-down)和自下而上(Bottom-up)技术是蛋白组学研究常用的两种策略,两者在检测原理、样品处理、仪器要求和适用范围等方面存在较大差异。

     

    Top-down蛋白质组学是通过对完整的蛋白进行分析从而进行定量。Top-down可以无需对蛋白质进行酶解,直接进入质谱分析,其预处理过程较Bottom-up简单,蛋白完整度较好且保留了更多的修饰信息。对于单个蛋白来说,Top-down分析能够鉴定蛋白质和表征PTMs,对于蛋白质复合物来说,这种方法能够发现蛋白质复合物及其PTMs的组合形式。但是相比于Bottom-up蛋白质组学,Top-down在对于蛋白的划分、离子化以及片段化具有重大的缺陷,很难进行气相色谱的分离且检测误差较大。

     

    Bottom-up蛋白质组学是指通过对蛋白分解的肽段进行定性定量分析,基于混合蛋白(protein mixture)的Bottom-up分析方法也被称之shot-gun方法。在典型Bottom-up蛋白质组学实验中,复杂样品的多肽酶解后在一维或多维色谱步骤中被分离,然后进行质谱分析。目前,蛋白质组学研究主要以Bottom-up策略为主,其检测结果准确且氨基酸序列易于分析,被广泛用于蛋白质的鉴定、表征和定量分析。但它序列覆盖率低,只能获得部分信息,在样品制备和样品消化过程中存在肽段损失的风险,蛋白质的大区域可能无法被识别导致PTMs和序列变体方面的信息丢失。

     

    百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合nanoLC-MS/MS纳升色谱,提供基于Top down自上而下蛋白质组学基于Bottom-up自下而上蛋白组学组学分析服务,包括蛋白质测序、PTMs表征和蛋白质结构表征。您只需告知我们您的实验目的并寄出样品,我们将负责项目后续所有事宜,包括细胞培养、细胞标记、蛋白提取、蛋白酶切、肽段分离、质谱分析、质谱原始数据分析、生物信息学分析。

     

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