自上而下和自下而上蛋白质组学差异

基于质谱的自上而下（Top-down）和自下而上（Bottom-up）技术是蛋白组学研究常用的两种策略，两者在检测原理、样品处理、仪器要求和适用范围等方面存在较大差异。

Top-down蛋白质组学是通过对完整的蛋白进行分析从而进行定量。Top-down可以无需对蛋白质进行酶解，直接进入质谱分析，其预处理过程较Bottom-up简单，蛋白完整度较好且保留了更多的修饰信息。对于单个蛋白来说，Top-down分析能够鉴定蛋白质和表征PTMs，对于蛋白质复合物来说，这种方法能够发现蛋白质复合物及其PTMs的组合形式。但是相比于Bottom-up蛋白质组学，Top-down在对于蛋白的划分、离子化以及片段化具有重大的缺陷，很难进行气相色谱的分离且检测误差较大。

Bottom-up蛋白质组学是指通过对蛋白分解的肽段进行定性定量分析，基于混合蛋白（protein mixture）的Bottom-up分析方法也被称之shot-gun方法。在典型Bottom-up蛋白质组学实验中，复杂样品的多肽酶解后在一维或多维色谱步骤中被分离，然后进行质谱分析。目前，蛋白质组学研究主要以Bottom-up策略为主，其检测结果准确且氨基酸序列易于分析，被广泛用于蛋白质的鉴定、表征和定量分析。但它序列覆盖率低，只能获得部分信息，在样品制备和样品消化过程中存在肽段损失的风险，蛋白质的大区域可能无法被识别导致PTMs和序列变体方面的信息丢失。

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