三代全长16s，DADA2怎么和QIIME2结合分析呢？能展示一下详细的分析流程吗？

要结合使用 DADA2 和 QIIME2 分析三代全长16S rRNA序列数据，可以遵循以下步骤：

 

1.安装和设置：

• 确保已安装最新版本的 QIIME2。可以在其官网上找到安装指南。
• DADA2 已作为 QIIME2 插件包含在内，无需单独安装。

 

2.数据导入：

使用 qiime tools import 命令将你的三代测序数据导入QIIME2环境中，在这之前确保测序数据满足以下规范：

• 样品已被拆分好，即每个样品一个fq/fastq文件（或者双端成对fq文件）；
• 已经去除非生物核酸序列，比如：引物（primers），接头（adapters or barcodes），linker等；
• 如果样品是下机的双端测序，其应具有双端测序的相匹配的两个fq文件。

 

3.数据质量控制和去噪：

• 应用 DADA2 插件进行质量控制和错误校正。对于PacBio或其他长读测序技术的数据，使用 qiime dada2 denoise-pyro 命令：

 



 

• 此命令不进行截断（--p-trunc-len 0），因为PacBio读取通常是高质量的全长读取。

 

4.生物多样性分析：

使用生成的特征表（ASV表）和代表序列进行后续的分析，如物种注释、多样性指数计算和群落结构比较：

 



 

 

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