质谱仪测氨基酸序列打碎多肽链后到底是怎么测序的，不应该是除了端位，剩下的都无法判断吗？

质谱法是一种强大的工具，用于测量氨基酸序列。这种方法通常涉及到使用碰撞诱导解离（CID）或其他方法（如电子转移解离，ETD）将多肽链碎裂为较小的片段，然后通过测量这些片段的质量来推断原始蛋白质的氨基酸序列。

质谱法的关键步骤包括：

1.电离：

首先，样品被电离，通常是通过电喷雾离子源（ESI）或者基质辅助激光解吸离子源（MALDI）。

2.碎裂：

然后，这些离子在质谱仪中被碎裂。碎裂的方式可以有多种，如碰撞诱导解离（CID）或电子转移解离（ETD）。

3.测量：

最后，这些碎片离子的质荷比（m/z）被测量。这些碎片离子的质荷比可以用来推断原始多肽的氨基酸序列。

在这个过程中，可以通过比较每个碎片离子的质量差，推断出原始多肽的氨基酸序列。比如，一个碎片离子的质量为1000，另一个碎片离子的质量为1200，那么可以推断出这200质量单位的差异来自于一个或多个氨基酸。通过查表可以确定这个差异对应的氨基酸。

除了端位以外，也可以确定其他位置的氨基酸序列。在肽段经历质谱分析后，会产生一系列大小不一的碎片离子。这些碎片主要通过在肽键上的断裂产生，形成一系列称为b离子和y离子的碎片。b离子是从肽段N端开始计数的，y离子则是从肽段C端开始计数的。通过这两种碎片的配对，我们可以得到原始肽段的氨基酸序列。

例如，如果我们有一个b离子，其质量与原始肽段的质量差值对应某个氨基酸的质量，同时，我们也有一个y离子，其质量与原始肽段质量差值也对应那个氨基酸的质量，那么我们就可以确定原始肽段在那个位置上是那个氨基酸。

因此，在质谱测序中，我们不仅可以确定肽段的端位氨基酸，还可以确定肽段中的其他位置的氨基酸序列。这需要复杂的数据分析，但是有很多专门的软件可以完成这项任务。如SEQUEST，MASCOT和MaxQuant等。这些软件可以帮助解析复杂的质谱数据，并与已知的蛋白质数据库进行匹配，以帮助确定可能的氨基酸序列。

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