蛋白组学的样本包括哪些？

蛋白组学研究中的样本类型多种多样，包括细胞、组织、体液（如血液、尿液、脑脊液等）、微生物、动植物组织、环境样本（如土壤、水、空气等）等。针对不同的样本类型，制备方法和要求也有所不同：




一、细胞样本制备：




1.收集细胞：

首先收集培养的细胞，进行洗涤去除培养基中的血清蛋白等杂质。




2.蛋白提取：

使用蛋白提取缓冲液（如 RIPA 缓冲液、SDS 缓冲液等）对细胞进行裂解，释放细胞中的蛋白质。




3.离心分离：

通过离心分离清除细胞残渣和未破碎的细胞，收集含有蛋白质的上清液。




4.蛋白浓度测定：

使用蛋白浓度测定方法（如 BCA、Bradford 等）测定提取的蛋白质浓度。




二、组织样本制备：




1.收集组织：

手术切除或动物实验获取组织样本。




2.切除杂质：

在组织收集后立即去除血管、脂肪等杂质。




3.处理组织：

将组织分为若干份，并根据需要进行冷冻保存或固定。




4.蛋白提取：

对组织样本进行均质化、裂解、离心等步骤，以提取蛋白质。




三、组织样本类型的适用性：




1.新鲜组织：

新鲜组织在采集后应立即进行处理，以防止蛋白质降解和失活。可以使用蛋白酶抑制剂、冷冻破碎或超声波等方法进行组织分解和蛋白提取。这种类型的组织样本在蛋白质组学分析中效果最好。




2.固定组织：

对于形式固定和石蜡包埋的组织样本，需要进行脱蜡、水解和抗原修复等步骤，以便进行蛋白质提取。这些处理过程可能会影响蛋白质的完整性和可溶性。虽然固定组织可用于蛋白组学研究，但可能需要优化实验条件。




3.冻存组织：

冻存组织在采集后立即进行冷冻保存（通常为 -80℃），以防止蛋白质降解。使用前需要将组织从低温环境中解冻，然后进行蛋白提取。冻存组织在蛋白组学研究中的效果通常较好，但冻融过程可能导致某些蛋白质的损失或改变。




关于组织保存的时限要求，一般来说，固定组织和冻存组织可以长时间保存。然而，随着保存时间的增加，可能会出现蛋白降解、氧化等现象。因此，建议尽量在短时间内（几周到几个月）使用保存的组织，以获得最佳的实验结果。实际的保存时间可能因实验室条件、组织类型和保存方法的不同而有所差异。在进行蛋白组学实验前，建议检查保存的组织样本的质量和完整性。




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蛋白质组学分析